如何从R中的集群创建newick文件？

下面这个脚本运行得很好，可以获得包含大量数据集的集群，但我需要将集群放入一个newick文件或文本文件中，这样我就可以将它从R导出到其他编辑程序中，但我找不到将hclust转换为newick格式的方法，我该怎么做？ 我觉得新的2PHYLO功能可以完成这项工作，但我们没有设法让它工作

我真的很感激你的帮助，因为我们到处都找不到解决办法=(

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datos您可以使用
ape
软件包中的
write.tree
函数来执行此操作。请尝试以下操作：

library(ape)
class(fit) # must be hclust class
my_tree <- as.phylo(fit) 
write.tree(phy=my_tree, file="exported_tree.newick") # look for the file in your working directory

库（ape）
等级（适合）#必须是hclust等级
my_tree我只通过以下转换步骤从热图中提取.nwk格式：


dendro-->hcclust-->phylo-->nwk

我知道这有点像黑客，但代码如下：

# Heatmap of data frame 'data' saved as 'heat'
heat <- heatmap.2(as.matrix(data))

# Extract dendrograms for rows and columns from 'heat'
row.dendro <- heat$rowDendrogram
col.dendro <- heat$colDendrogram

# Convert dendrograms to nwk (via .hcclust and .phylo formats!)
as.hclust (row.dendro)  ->row.hcclust
as.phylo  (row.hcclust) ->row.phylo
write.tree(row.phylo)   ->row.nwk

as.hclust (col.dendro)  ->col.hcclust
as.phylo  (col.hcclust) ->col.phylo
write.tree(col.phylo)   ->col.nwk

#数据框“data”的热图保存为“heat”
热排
as.hclust（col.dendro）->col.hcclust
as.phylo（col.hcclust）->col.phylo
write.tree（col.philo）->col.nwk
什么是newick文件？您是否检查过Bioconductor或库（sos）；findFn（“write newick”）
？非常感谢Roman！！它工作正常！太棒了！函数来自ctc write（hc2Newick（fit），file='hclust.newick'）@Spacedman newick格式（文件）。
# Heatmap of data frame 'data' saved as 'heat'
heat <- heatmap.2(as.matrix(data))

# Extract dendrograms for rows and columns from 'heat'
row.dendro <- heat$rowDendrogram
col.dendro <- heat$colDendrogram

# Convert dendrograms to nwk (via .hcclust and .phylo formats!)
as.hclust (row.dendro)  ->row.hcclust
as.phylo  (row.hcclust) ->row.phylo
write.tree(row.phylo)   ->row.nwk

as.hclust (col.dendro)  ->col.hcclust
as.phylo  (col.hcclust) ->col.phylo
write.tree(col.phylo)   ->col.nwk