R 如何将函数应用于文本文件中的多个FASTA序列？

我在一个文本文件中有多个fasta序列，如下所示：

>header1
ACTGACTG
>header2
ATGCATGC
...

我想一次应用所有序列的函数。有没有一个功能可以实现这一点

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每一个答案都将不胜感激。

答案很简单=

sapply（）

。如果您想将函数应用于某些对象的列表，可以使用

sapply（）

方法，这是一个

map（）

函数（您可能从python中知道这一点）。以下是一个例子：

v <- sample(1:100, 10)
> v
 [1] 92 69 87 42  7 33 51 62 26 80
f <- function(x){
+     # T if even else F
+     return(!x %% 2)
+ }
> sapply(v, FUN = f)
 [1]  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE

v
[1] 92 69 87 42  7 33 51 62 26 80
f sapply（v，FUN=f）
[1] 真假假假真假假假真真

DNA的例子：

> library('dplyr')
> v <- c('ATGCTAGCT', 'GTGTACGTAC')
> sapply(v, FUN = function(dna){
+     return(dna %>% tolower)
+ })
   ATGCTAGCT   GTGTACGTAC 
 "atgctagct" "gtgtacgtac" 

>库（'dplyr'）
>v sappy（v，FUN=函数（dna）{
+返回（dna%>%tolower）
+ })
ATGCTAGCT GTACGTAC
“atgctagct”“gtgtacgtac”

如果您正在寻找并行计算，有像

parallel

这样的R包可以提供帮助。但是这个问题太难回答了，请编辑并提供更多细节。如果您提供了一个简单的示例输入和所需的输出，可以用来测试和验证可能的解决方案，这将更容易帮助您。以下是关于在生物信息学中使用GNU并行的教程：（这个网站是为编程相关的问题；可能是你将来想要的）看看这个软件包是否有帮助-。澄清什么是预期的输出-“应用函数”-太广泛了。