sed：替换除“以外的所有非字母数字字符&燃气轮机&引用；

我想替换以“>”开头的行中的所有非字母数字字符，但不替换“>”

例如

将成为

>header44554782GB

我还想更一般地了解如何指定多个“受保护”的非alpha/num字符，例如，如果我想保留“>”和空格或空格和下划线

这让我半途而废（删除所有非字母数字）

有什么想法吗

更新

我没有提供足够的数据结构信息

我需要处理的文本文件示例如下：

>gi-565662%% 2s-0[protein]
MPPACTYUSYUUSUSUSUSUUSU
SKKKYTYSSALLATLLAY
>gi|47234377324|+98923[protein]
ATTYTYTFYATYFTTTFARRRLAVVVATPATYTKKKK
>gi|23432|bysg==+4D77
TYTYATCYACTAYCTYATYCTAC
ACTYATCYATCYATCYATC
TPAPPAPPCAPPAPCPAC

你喜欢这样：

String result = yourString.replaceAll("[\\W&&[^<]]", "");

sed（流编辑器）能够执行您指定的操作，但更简单的工具可能更合适。如果您的系统有sed，那么它可能也有tr。有了tr，您可以：

$ hdr=$(echo '>header 44554%782 & -GB' | tr -dc '>a-zA-Z0-9');
$ echo $hdr
>header44554782GB

---

-c选项告诉tr匹配在'>a-zA-Z0-9'中指定的字符集的补码，-d选项告诉tr删除匹配的字符。

您可以使用现有代码，并在替换后重新插入前导的

：

#!/usr/bin/sed -f
/^>/{
s/[^a-zA-Z0-9]//g
s/^/>/
}

这可能更简单

sed -r '/^[>].*/{s/[^[:alnum:]_> ]//g}

范例

echo '>header _44554%782? & -GB'|sed -r '/^[>].*/{s/[^[:alnum:]_> ]//g}'

乌普图

>header _44554782  GB

---

我想和塞德一起做。标题的修剪是管道的一部分，需要在数百万行上进行。我认为您希望更改“^”。这看起来不像我见过的任何类型的sed。我正在寻找一种在sed中执行此操作的方法。我需要浏览数百万行文字。以“>”开头的行只是序列的标题或ID。我想我没有充分描述数据。我正在使用的文本文件有一个标题行（以“>”开头），然后是多行字母，然后是不同的标题行（以>）行，然后是多行字母，大约有100000个标题。你可以逐行操作，这是最快的方法，它的工作方式与我希望的不完全一样。我有1000个标题，每个都有以下字母序列：

>标题$%hh2 MPICUACC>header4@#B ATCYACYAC

等应该跨行拆分的命令？如果使用GNU，可以通过将换行符替换为

，将命令合并到一行中。POSIX中没有指定这一点，并且不是所有的实现都支持它。如果您确实不想将程序放在自己的文件中，那么可以在命令行上使用多个sed语句，这看起来像
sed-e'/^>/{-e's/[^a-zA-Z0-9]//g'-e's/^/>/'-e'}
。就我个人而言，我发现这一点很快就会变得难以理解。
sed -r '/^[>].*/{s/[^[:alnum:]_> ]//g}

echo '>header _44554%782? & -GB'|sed -r '/^[>].*/{s/[^[:alnum:]_> ]//g}'

>header _44554782  GB

   > _ and space character protected