Shell 基于另一个文件更改文件信息_Shell_Awk_Sed_Grep

Shell 基于另一个文件更改文件信息

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Shell 基于另一个文件更改文件信息,shell,awk,sed,grep,Shell,Awk,Sed,Grep,我有两个简单的文本文件：第一个是参考文件，看起来是这样的——每行的第一个字母是重要的 G A C A G A 第二个是这样的： G G G G A A A A A A A G 2 2 0 0 0 1 第二个文件是我想根据第一个文件的信息更改的文件例如，如果前两列包含字母G，即G，因为该字母是我的引用文件中的第一个字母，所以我想将这两列转换为一列，编号为2（表示有两个G）。第三列和第四列也有两个G，因此我想将这两列也转换为一个编号为2的列在第二个文件的最后一行中，前两列有字母A和A，

我有两个简单的文本文件：

第一个是参考文件，看起来是这样的——每行的第一个字母是重要的

G A
C A
G A

第二个是这样的：

G G G G
A A A A
A A A G

2 2
0 0 
0 1

第二个文件是我想根据第一个文件的信息更改的文件

例如，如果前两列包含字母G，即

，因为该字母是我的引用文件中的第一个字母，所以我想将这两列转换为一列，编号为

（表示有两个G）。第三列和第四列也有两个

，因此我想将这两列也转换为一个编号为

的列

在第二个文件的最后一行中，前两列有字母

和

，但由于我的参考文件最后一行的第一个字母是A

，我想将这两列转换为数字0（表示有零个

-引用文件的第一个字母是我正在计算的字母）。第三列和第四列有

和

，因为有一个

，所以我想要两个将这两列转换为一个数字为1的列

转换后的文件应如下所示：

G G G G
A A A A
A A A G

2 2
0 0 
0 1

如果有任何帮助，我将不胜感激。一次处理两个文件并进行这样的转换不属于我的编程技能范围

注意：我的真实文件包含字母A、C、G和T假设第一个文件名为

ref

，第二个文件名为

data

：

$ awk 'NR==FNR{a[FNR]=$1; next} {print (a[FNR]==$1)+(a[FNR]==$2), (a[FNR]==$3)+(a[FNR]==$4)}' ref data
2 2
0 0
0 1

说明：

```
NR==FNR{a[FNR]=1；next}
```
```
NR
```
是到目前为止已读入的行数，
```
FNR
```
是从当前文件读入的行数。因此，当
```
NR==FNR
```
时，我们知道
```
awk
```
仍在处理第一个文件。在这种情况下，我们将行上的第一个字母保存在数组
```
a
```
中。
```
next
```
语句告诉
```
awk
```
跳过其余命令并转到下一行
```
打印（a[FNR]==1）+（a[FNR]==2），（a[FNR]==3）+（a[FNR]==4）
```
由于上面的
```
next
```
命令，只有在处理第二个文件时才会执行此命令。如果是这样，我们会打印出前两列中有多少字母与
```
ref
```
文件中相应行中的第一个字母相匹配，然后对第三列和第四列执行相同的操作

处理丢失的数据假设缺少的数据由

表示。例如，以该数据文件为例：

$ cat data2
G G G G
0 0 C A
A G 0 0

以下awk脚本已扩展以显示缺少数据的“？”：

$ awk 'NR==FNR{a[FNR]=$1; next} {print ($1==0)?"?":(a[FNR]==$1)+(a[FNR]==$2), ($3==0)?"?":(a[FNR]==$3)+(a[FNR]==$4)}' ref data2
2 2
? 1
1 ?

（与以前一样使用了相同的

ref

文件。）

处理任意数量的列

awk'NR==FNR{a[FNR]=$1；next}{s=”“；用于（i=1；iI刚找到一些带零的列，这是我的数据文件中缺少的数据。是否有可能在awk在列中找到零时放置？
符号？@user3047092是的，但给我一个输入示例。发生这种情况时，所有列都是零吗？或者是否有可能在3和4小时时列1和2都是零ave数据，等等？例如，我在ref文件中添加了一行：T
和G
，也在数据文件中添加了一行：0 T G
。当我运行awk脚本时，我得到0
和1
。但我希望得到一个？
符号，表示缺少数据，以及一个1
，这是基于o的正确数字n我的ref文件。谢谢。我使用新脚本得到这个错误：awk:syntax error在源代码行1上下文是NR==FNR{a[FNR]=$1；next}{print>>>$1===@user3047092我刚刚从答案复制并粘贴了它，它对我有效（使用Linux）。你是在Mac上吗？另外，我刚刚更新了行以添加一些参数，这可能对非GNU awk有帮助。如果这不能解决问题，我需要查看完整的格式化错误消息，该消息将显示awk出现问题的字符。