Shell 将多个BAM文件转换为BED文件

我在外部硬盘中有BAM文件。我想把它们换成床。 我正在使用

它将BED文件写入目录，但它们都是空的。我的床上工具安装在

/home/amit/miniconda3/bin/bedtools

有人能告诉我哪里出了问题吗？

---

关于。

空

床

文件可能是由于没有读取的

bam

文件造成的。由于标头的原因，

bam

文件可能仍然具有非零文件大小。使用

samtools

查找

bam

文件中的读取次数：

samtools view -c input.bam

或

sambamba

：

sambamba view -c input.bam

这应该将

bam

文件中的读取次数输出到STDIN中。这两个都可以使用

conda

安装，例如：

conda create -n my_env_name samtools sambamba

---

空的

bed

文件可能是由于没有读取的

bam

文件造成的。由于标头的原因，

bam

文件可能仍然具有非零文件大小。使用

samtools

查找

bam

文件中的读取次数：

samtools view -c input.bam

或

sambamba

：

sambamba view -c input.bam

这应该将

bam

文件中的读取次数输出到STDIN中。这两个都可以使用

conda

安装，例如：

conda create -n my_env_name samtools sambamba

交叉发布：：命令应为

bamtobed

。交叉发布：：命令应为

bamtobed

。