如何传递此Shell脚本的路径？

这个名为

prepareFastaRef.command

的小Shell脚本应该接收我作为参数给出的文件名，根据它生成路径，然后在该文件上运行命令。它看起来像：

#!/bin/bash

REF="~/Dropbox/phd/fastarefs/$1"
echo "$REF"

samtools faidx "$REF"

我使用以下命令行运行它：

prepareFastaRef.command test.fa

但它似乎无法找到该文件：

[E:：fai_build3_core]无法打开我的文件 ~/Dropbox/phd/fastarefs/test.fa

这个问题并不特定于程序

samtools

，因为我与其他人有相同的问题。我可以100%确认文件

test.fa

在那里

我感到困惑的是，仅此命令就可以完美地工作：

samtools faidx ~/Dropbox/phd/fastarefs/off_aa1.fa

因此，如何从Shell脚本中传递路径似乎是一个问题

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我遗漏了什么？

重复：在作业中使用此选项：

REF=~/Dropbox/phd/fastarefs/“$1”

（这里引用的不是严格需要的，但通常是良好的实践）。要诊断类似的问题，您可以使用

set-x

运行脚本，您会看到

~

没有得到扩展。或者会告诉您，也