String 细胞间间隙

我有个问题，你能帮我吗？ 我有一个.txt文件，我使用awk代码使用制表符分隔函数分隔列。 我收到了align列，但如果缺少一些信息，整行将向左移动，信息将转移到另一列。你能帮我吗？我怎么能 加入到这个代码中？非常感谢你

#!/bin/bash

for f 
in *.vcf; 
do awk 'BEGIN {OFS = "\t"}
        /^##/ {next}
        /^#/ {sub(/^#/,"",$1)}
        {$1=$1; print}
    ' "$f" > "${f/%vcf/tsv}"
done


> INPUT:
> 
> CHROM    ID    REF   ALT 
  chr1    235     A     B 
  chr2     A      B
  chr3    225     B

输出：

---

这个问题有歧义。看看数据：

chr1    235     A     B 
chr2     A      B
chr3    225     B

也许在

chr2

行中，我们可以猜测

ID

列缺失，因为

ID

s是数字。我们缺少一列，它是数字列，因此它必须是

ID

但是在第三行中，我们如何知道

REF

列缺失，而不是

ALT

如果

ALT

从未丢失，那么它很简单。但如果其中任何一个都可能失踪，那就不可能了

在任何情况下，在编写程序代码将数据重新规范化为适当的列之前，您必须能够清楚地说明识别缺少哪些列的规则，否则就必须认识到这是不可能的，并放弃

---

您可能只需要向上游查找相同数据的更好来源，而这些数据不包含munged列。

列是如何对齐的？您可以发布示例数据吗？您可以检查字段数（NF）是否等于预期值，否则跳过该行。顺便说一句，脚本来自是不是我的脚本，glen先生是作者，但这是否有问题？如果是这样的话，我很抱歉。这些列仅由制表符分隔，ALT从不丢失

chr1    235     A     B 
chr2     A      B
chr3    225     B