Unit testing 测试脚本如何通知R CMD check它应该发出自定义消息？

我正在办公室写一个R包（）。我们正在使用它进行单元测试

我们描述新功能的过程：我们定义新的单元测试，最初标记为

停用
；我们一次激活一个测试块，并实现测试描述的功能。几乎所有的时间我们都有少量的停用测试，相对于可能被删除或将被实现的功能

我的问题是：如果有停用的测试，我是否可以更改以使
R CMD check pkg
发出注释（即自定义消息“NOTE”而不是“OK”）

到目前为止，我们只看到活动测试没有给出错误：

.
.
* checking for unstated dependencies in tests ... OK
* checking tests ...
  Running ‘doSvUnit.R’
 OK
* checking PDF version of manual ... OK

如果所有的测试都成功了，这是可以的，但是如果有跳过的测试，这就不太好了，如果有失败的测试，这肯定是错误的。在这种情况下，我希望看到一个注释或警告，如下所示：

.
.
* checking for unstated dependencies in tests ... OK
* checking tests ...
  Running ‘doSvUnit.R’
 NOTE
6 test(s) were skipped.
 WARNING
1 test(s) are failing.
* checking PDF version of manual ... OK

现在，我们必须打开
doSvUnit.Rout
来检查实际的测试结果


我联系了r-forge和CRAN的两名维护人员，他们向我指出了问题所在，特别是脚本

如果我理解正确，要回答这个问题，我们需要修补
工具
包：


使用
系统调用调用tests目录中的脚本

输出（stdout和stderr）转到单个文件
有两种可能的结果：正常或不正常

所以我在R上打开了一个，提出了一些类似于对返回状态进行位编码的建议，0位表示错误（现在是这样），1位表示警告，2位表示注释

通过我的修改，可以轻松生成以下输出：

.
.
* checking for unstated dependencies in tests ... OK
* checking tests ...
  Running ‘doSvUnit.R’
 NOTE - please check doSvUnit.Rout.
 WARNING - please check doSvUnit.Rout.
* checking PDF version of manual ... OK


BrianRipley回答说：“但是有几个包都有正确编写的单元测试
请把这个讨论带到别处：R-bugs不是问问题的地方
并关闭了更改请求


有人有什么提示吗？
我联系了r-forge和CRAN的两位维护人员，他们向我指出了，特别是脚本

如果我理解正确：


使用
系统调用调用tests目录中的脚本

输出（stdout和stderr）转到单个文件
有两种可能的结果：正常或不正常
要回答这个问题，我们需要修补库/工具包


我在R上打开了a，我的第一个猜测类似于对返回状态进行位编码，0位表示错误（现在是这样），1位表示警告，2位表示注释

在doSvUnit.R中，如果失败，我将退出
状态为
的
，如果跳过测试，我将退出

该修补程序如下所示：

Index: src/library/tools/R/testing.R
===================================================================
--- src/library/tools/R/testing.R   (revision 57214)
+++ src/library/tools/R/testing.R   (working copy)
@@ -352,10 +352,16 @@
         } else
             cmd <- paste("LANGUAGE=C", "R_TESTS=startup.Rs", cmd)
         res <- system(cmd)
-        if (res) {
+        if (res%/%4 %% 2) {
+            message("NOTE")
+        }
+        if (res%/%2 %% 2) {
+            message("WARNING")
+        }
+        if (res %% 2) {
             file.rename(outfile, paste(outfile, "fail", sep="."))
             return(1L)
         }
         savefile <- paste(outfile, "save", sep = "." )
         if (file.exists(savefile)) {
             message("  Comparing ", sQuote(outfile), " to ",

索引：src/library/tools/R/testing.R
===================================================================
---src/library/tools/R/testing.R（修订版57214）
+++src/library/tools/R/testing.R（工作副本）
@@ -352,10 +352,16 @@
}否则
cmd您应该能够更改doSvUnit.R脚本，以至少发出您描述的警告和错误。您要做的是运行测试，然后检查测试运行程序的返回值，并让R代码调用warning（）或stop（）

有关如何使用RUnit完成此操作的示例，请查看Bioconductor存储库中的codetoolsBioC包。相关代码在inst/模板中，复制如下：

.test <- function(dir, pattern = ".*_test\\.R$")
{
    .failure_details <- function(result) {
        res <- result[[1L]]
        if (res$nFail > 0 || res$nErr > 0) {
            Filter(function(x) length(x) > 0,
                   lapply(res$sourceFileResults,
                          function(fileRes) {
                              names(Filter(function(x) x$kind != "success",
                                           fileRes))
                          }))
        } else list()
    }

    if (missing(dir)) {
        dir <- system.file("unitTests", package="@PKG@")
        if (!nzchar(dir)) {
            dir <- system.file("UnitTests", package="@PKG@")
            if (!nzchar(dir))
                stop("unable to find unit tests, no 'unitTests' dir")
        }
    }

    ## Run unit tests from the directory containing the test files.
    ## This allows tests to refer to data files with relative paths
    cwd <- getwd()
    on.exit(setwd(cwd))
    setwd(dir)

    require("RUnit", quietly=TRUE) || stop("RUnit package not found")
    RUnit_opts <- getOption("RUnit", list())
    RUnit_opts$verbose <- 0L
    RUnit_opts$silent <- TRUE
    RUnit_opts$verbose_fail_msg <- TRUE
    options(RUnit = RUnit_opts)
    suite <- defineTestSuite(name="@PKG@ RUnit Tests", dirs=getwd(),
                             testFileRegexp=pattern,
                             rngKind="default",
                             rngNormalKind="default")
    result <- runTestSuite(suite)
    cat("\n\n")
    printTextProtocol(result, showDetails=FALSE)
    if (length(details <- .failure_details(result)) >0) {
        cat("\nTest files with failing tests\n")
        for (i in seq_along(details)) {
            cat("\n  ", basename(names(details)[[i]]), "\n")
            for (j in seq_along(details[[i]])) {
                cat("    ", details[[i]][[j]], "\n")
            }
        }
        cat("\n\n")
        stop("unit tests failed for package @PKG@")
    }
    result
}

。测试0，
lapply（res$sourceFileResults，
函数（fileRes）{
名称（过滤器（函数（x）x$kind！=“成功”，
（文件）
}))
}else列表（）
}
如果（缺失（目录））{
dir你所说的注释是什么意思？就像电脑扬声器发出的声音一样？编辑问题来解释注释，与OK相反，但没有警告那么糟糕。只是一个注释：我已经实现了一个解决方案，解决了一个稍微相反的问题，即，在手册页面中的示例的单元测试中有所意识。这是svUnit的一部分。Brian Ripley可能是指有道理，我可能会这么做。如果20位投票人中的一些人支持这个改变请求（或者在这里提供更多反馈），那就太好了。好的，我已经向svUnit添加了代码，允许它生成测试用例的完整xml报告，但我认为您无法在不更改检查的情况下提供我描述的反馈。R.如果您说我应该能够这样做，请抓取
delftfews
项目，它当前包含两个
和
测试和测试这不是你的主意，我不是从你提供的例子中得到的。但是谢谢你的努力。赛斯，你测试了你的建议吗？据我所说，这个的输出只是进入
out
日志，而不是控制台。