Unix 将两个文件合并为一列

我有两个文件

$ wc -l new_bacteria.txt 
28633861 new_bacteria.txt

$ wc -l allin1_trinity_bacteria_blastx.tsv 
4352 allin1_trinity_bacteria_blastx.tsv

$ head new_bacteria.txt
gi|406035365|ref|ZP_11042729.1| Acinetobacter parvus
gi|406035366|ref|ZP_11042730.1| Acinetobacter parvus
gi|406035367|ref|ZP_11042731.1| Acinetobacter parvus
gi|406035368|ref|ZP_11042732.1| Acinetobacter parvus
gi|406035369|ref|ZP_11042733.1| Acinetobacter parvus
gi|406035370|ref|ZP_11042734.1| Acinetobacter parvus
gi|406035371|ref|ZP_11042735.1| Acinetobacter parvus
gi|406035372|ref|ZP_11042736.1| Acinetobacter parvus
gi|406035373|ref|ZP_11042737.1| Acinetobacter parvus
gi|406035374|ref|ZP_11042738.1| Acinetobacter parvus

$ head allin1_trinity_bacteria_blastx.tsv

c91_g1_i1   gi|46447089|ref|YP_008454.1|    39.60   101 59  1   306 4   1676    1774    6e-11   68.2
c146_g1_i1  gi|357399595|ref|YP_004911520.1|    39.53   86  47  2   246 4   49  134 5e-06   52.0
c202_g1_i1  gi|508605652|ref|YP_006991274.2|    62.16   37  14  0   154 44  49  85  3e-06   45.4
c202_g1_i1  gi|508605652|ref|YP_006991274.2|    63.16   19  7   0   201 145 33  51  3e-06   27.7
c202_g1_i1  gi|508605652|ref|YP_006991274.2|    76.92   13  3   0   242 204 20  32  3e-06   21.6
c224_g1_i1  gi|395217261|ref|ZP_10401556.1| 72.62   84  23  0   260 9   274 357 6e-38     144
c230_g1_i1  gi|261381445|ref|ZP_05986018.1| 57.50   40  17  0   248 129 57  96  2e-09   45.8
c230_g1_i1  gi|261381445|ref|ZP_05986018.1| 50.00   42  19  1   120 1   101 142 2e-09   41.2
c294_g1_i1  gi|298242911|ref|ZP_06966718.1| 37.33   75  46  1   14  238 814 887 3e-07   56.2
c304_g1_i1  gi|296393792|ref|YP_003658676.1|    42.86   56  32  0   56  223 17  72  6e-06   51.2

我想通过allin1_trinity_bacteria_blastx.tsv的第二列合并这两个文件。我希望输出一个和这个tsv文件行数相同的文件，因为另一个文件非常大

在R中这是一项很容易的工作，但因为这里我的注释文件（new_bacteria.txt）非常大。我正在考虑使用unix合并。但是如何使输出仅包含tsv文件中所需的列，而不包含新的_.txt文件中的所有留置权

谢谢大家!

我正在考虑使用unix合并。但是我怎样才能获得输出呢 仅包含tsv文件中所需的列，但不包含所有 新的_bacteria.txt文件中的留置权

确实有一个名为

merge

的程序，但尽管名称与R的

merge（）

函数匹配，但它的用途（将单独的更改合并到原始文件）并不是您所需要的；你可以用它。请注意，文件必须按联接字段排序。示例脚本在加入之前对两个文件进行排序；如果

new_bacteria.txt

已排序，则可以使用它代替

sorted.txt

；如果您想在

allin1\u trinity\u bacteria\u blastx.tsv

上运行多个联接，那么只对其进行一次排序并重用

sorted.tsv

可能是值得的

sort -k2b allin1_trinity_bacteria_blastx.tsv >sorted.tsv
sort                        new_bacteria.txt >sorted.txt
join -1 2 sorted.tsv sorted.txt

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欢迎来到Stackoverflow！请注意，您需要更具体一点，并告诉我们您已经尝试了什么（并且没有起作用）。在R中，我们可以做：

t1I不擅长
R
，但在我看来，您可能正在寻找一种更好的方式逐行读取文件，而不是一次全部读取，如果大小是您的限制。您必须使用任何其他程序（使用“Unix”或其他方式）执行相同的操作。