Unix 替换文本文件中不以特定字符开头的行上的特定列

我有一个如下所示的文本文件：

>long_name
AAC-TGA
>long_name2
CCTGGAA

以及列编号列表：

2、4、7

。当然，我可以将其作为变量，如：

cols="2 4 7"

我需要用单个字符（例如

N

）替换不以

开头的每一列行，以产生以下结果：

>long_name
ANCNTGN
>long_name2
CNTNGAN

其他详细信息-该文件有约200K行。所有不以

>

开头的行的长度都相同。行索引永远不会超过非

行的长度

在我看来，sed和awk的某种组合必须能够快速做到这一点，但我一辈子都不知道如何将它们联系在一起

例如，我可以使用sed处理不是以

开头的所有行，如下所示（在这种情况下，将所有空格替换为

N

）：

我可以使用AWK替换特定的行列，因为我想这样做（我想…）：

---

但我正在努力用GNU awk将其缝合起来，将I/o字段分隔符设置为空字符串，以便每个字符都成为一个字段，并且您可以轻松地更新它们

awk -v cols='2 4 7' '
BEGIN {
  split(cols,f)
  FS=OFS=""
}
!/^>/ {
  for (i in f)
    $(f[i])="N"
}
1' file

---

另请参见。

您可以先生成替换命令列表，然后将其传递给

sed

$ printf '2 4 7' | sed -E 's|[0-9]+|/^>/! s/./N/&\n|g'
/^>/! s/./N/2
 /^>/! s/./N/4
 /^>/! s/./N/7
$ printf '2, 4, 7' | sed -E 's|[^0-9]*([0-9]+)[^0-9]*|/^>/! s/./N/\1\n|g'
/^>/! s/./N/2
/^>/! s/./N/4
/^>/! s/./N/7

$ sed -f <(printf '2 4 7' | sed -E 's|[0-9]+|/^>/! s/./N/&\n|g') ip.txt
>long_name
ANCNTGN
>long_name2
CNTNGAN

---

在每个UNIX设备上的任何shell中使用任何awk：

$ awk -v cols='2 4 7' '
    BEGIN { split(cols,c) }
    !/^>/ { for (i in c) $0=substr($0,1,c[i]-1) "N" substr($0,c[i]+1) }
1' file
>long_name
ANCNTGN
>long_name2
CNTNGAN

---

您可以将sed

-e

和

-f

混合一次或多次，并且

-f

接受

-

作为标准输入，因此

在使用awk时不需要sed。
$ printf '2 4 7' | sed -E 's|[0-9]+|/^>/! s/./N/&\n|g'
/^>/! s/./N/2
 /^>/! s/./N/4
 /^>/! s/./N/7
$ printf '2, 4, 7' | sed -E 's|[^0-9]*([0-9]+)[^0-9]*|/^>/! s/./N/\1\n|g'
/^>/! s/./N/2
/^>/! s/./N/4
/^>/! s/./N/7

$ sed -f <(printf '2 4 7' | sed -E 's|[0-9]+|/^>/! s/./N/&\n|g') ip.txt
>long_name
ANCNTGN
>long_name2
CNTNGAN

$ printf '2 4 7' | sed -E 's|^|/^>/!{|; s|[0-9]+|s/./N/&; |g; s|$|}|'
/^>/!{s/./N/2;  s/./N/4;  s/./N/7; } 

$ awk -v cols='2 4 7' '
    BEGIN { split(cols,c) }
    !/^>/ { for (i in c) $0=substr($0,1,c[i]-1) "N" substr($0,c[i]+1) }
1' file
>long_name
ANCNTGN
>long_name2
CNTNGAN