在unix中，将多行合并为一行，每条记录由一个空行分隔

我有一个文本文件，其中每条记录都以no和name开头，以空行结尾。我希望将每条记录作为逗号分隔的值放在一行中。我尝试了以下代码，其代码文件和文本文件链接附在下面：

unix命令：要运行代码，请执行以下操作：

gawk -f sark.awk biosample.txt

然后运行：

sed 's/,,/\n/g' <biosample.txt > out.txt

具有要从每条记录中选取的每个标题的值，这些记录由新行分隔

---

谢谢

这里有一个使用

awk

的简单实现：

BEGIN   { print "record name,Identifiers,Organism,strain,isolate,serovar,"\
                "isolation source,collected by,collection date,"\
                "geographic location,host,host disease,Accession,ID,"\
                "potential_contaminant,sample type,Description"
          RS="\r\n"
          ORS=""
        }
sub(/^[0-9]*: /,"")     { r[1] = $0; next }
sub(/^Identifiers: /,""){ r[2] = $0; next }
sub(/^Organism: /,"")   { r[3] = $0; next }
/^ /                    { split($0, a, "=") }
/^ *\/strain=/          { r[4] = a[2] }
/^ *\/isolate=/         { r[5] = a[2] }
/^ *\/serovar=/         { r[6] = a[2] }
/^ *\/isolation source=/{ r[7] = a[2] }
/^ *\/collected by=/    { r[8] = a[2] }
/^ *\/collection date=/ { r[9] = a[2] }
/^ *\/geographic locati/{ r[10] = a[2] }
/^ *\/host=/            { r[11] = a[2] }
/^ *\/host disease=/    { r[12] = a[2] }
/^Accession:/           { r[13] = $2; r[14] = $4 }
/^ *\/potential_contami/{ r[15] = a[2] }
/^ *\/sample type=/     { r[16] = a[2] }
/^Description:/         { getline; r[17] = $0 }
/^$/                    { if (r[1]) {   for (i = 1; i < 17; ++i) print r[i]","
                                        print r[i]"\n"
                                        delete r
                                    }
                        }

BEGIN{print“记录名称、标识符、生物体、菌株、分离物、血清型，”\
隔离源，收集人，收集日期\
地理位置、宿主、宿主疾病、加入、ID、\
潜在污染物、样品类型、说明
RS=“\r\n”
ORS=“”
}
sub（/^[0-9]*：/，“”）{r[1]=$0；next}
子（/^标识符：/，“”）{r[2]=0；下一个}
sub（/^生物体：/，“”）{r[3]=0；next}
/^/{split（$0，a，“=”）}
/^*\/strain=/{r[4]=a[2]}
/^*\/isolate=/{r[5]=a[2]}
/^*\/serovar=/{r[6]=a[2]}
/^*\/隔离源=/{r[7]=a[2]}
/^*\/collectedby=/{r[8]=a[2]}
/^*\/collection date=/{r[9]=a[2]}
/^*\/geographic locati/{r[10]=a[2]}
/^*\/host=/{r[11]=a[2]}
/^*\/宿主疾病=/{r[12]=a[2]}
/^加入：/{r[13]=$2；r[14]=$4}
/^*\/potential\u contami/{r[15]=a[2]}
/^*\/sample type=/{r[16]=a[2]}
/^描述：/{getline；r[17]=$0}
/^$/{if（r[1]）{for（i=1；i<17；++i）打印r[i]，”
打印r[i]“\n”
删除r
}
}

您能发布输入文件的摘录和输出文件的外观吗？请回答您的问题，并在问题中直接显示代码和一个小的输入文件，格式为代码块。“不一致/混乱/混乱”不是一个充分的问题描述。显示实际输出和预期输出，并在必要时解释实际输出错误的原因。@user3506020-缩进

sark.awk

是荒谬的。怎么可能是

gawk

输入和

sed

输入，后者必须是

gawk

输出，与biosample.txt同名吗？我已经在帖子中附上了我的文件和代码，可以下载。非常感谢，效果非常好

BEGIN   { print "record name,Identifiers,Organism,strain,isolate,serovar,"\
                "isolation source,collected by,collection date,"\
                "geographic location,host,host disease,Accession,ID,"\
                "potential_contaminant,sample type,Description"
          RS="\r\n"
          ORS=""
        }
sub(/^[0-9]*: /,"")     { r[1] = $0; next }
sub(/^Identifiers: /,""){ r[2] = $0; next }
sub(/^Organism: /,"")   { r[3] = $0; next }
/^ /                    { split($0, a, "=") }
/^ *\/strain=/          { r[4] = a[2] }
/^ *\/isolate=/         { r[5] = a[2] }
/^ *\/serovar=/         { r[6] = a[2] }
/^ *\/isolation source=/{ r[7] = a[2] }
/^ *\/collected by=/    { r[8] = a[2] }
/^ *\/collection date=/ { r[9] = a[2] }
/^ *\/geographic locati/{ r[10] = a[2] }
/^ *\/host=/            { r[11] = a[2] }
/^ *\/host disease=/    { r[12] = a[2] }
/^Accession:/           { r[13] = $2; r[14] = $4 }
/^ *\/potential_contami/{ r[15] = a[2] }
/^ *\/sample type=/     { r[16] = a[2] }
/^Description:/         { getline; r[17] = $0 }
/^$/                    { if (r[1]) {   for (i = 1; i < 17; ++i) print r[i]","
                                        print r[i]"\n"
                                        delete r
                                    }
                        }