Variables 在Oracle/Sun GridEngine中执行bash脚本

我有一个脚本，它首先定义一系列变量，然后用这些变量运行程序。但是，该脚本被网格引擎拒绝（它在工作站上工作，但作为阵列作业的一个组件，它需要通过SGE运行），因为变量被读取为命令，导致“未找到命令”响应

使用以下方法完全再现错误：

#!/bin/bash
#$ -M not.real@email.address
#$ -m be
#$ -o /scratch/MScGWAS/Output
#$ -e /scratch/MScGWAS/Errors
#$ -q long.q
#$ -cwd
CHR=$1
CHUNK_START=`printf "%.0f" $2`
CHUNK_END=`printf "%.0f" $3`

输出示例：

CHR=1: Command not found.
CHUNK_START=1: Command not found.
CHUNK_END=5000000: Command not found.

---

如何让GridEngine使用bash作为此脚本的解释器？

您不是使用

bash

执行脚本，而是使用不同的shell（例如

tcsh

）。

您不是使用

bash

执行脚本，而是使用不同的shell（例如

tcsh

）.

听起来您的网格引擎集群配置了posix_兼容模式下的队列，并将/bin/csh作为默认shell。在posix#兼容模式下，初始#！忽略，您需要通过命令行开关或使用合适的#$指令指定shell。 将以下行添加到脚本中应该可以工作：

---

#$-S/bin/bash

听起来您的网格引擎集群配置了posix_兼容模式下的队列，并将/bin/csh作为默认shell。在posix#兼容模式下，初始#！忽略，您需要通过命令行开关或使用合适的#$指令指定shell。 将以下行添加到脚本中应该可以工作：

---

#$-S/bin/bash

如果脚本中没有定义它们，它将如何知道它们代表什么？您实际如何运行此脚本？下面是一个实验：将您在此处发布的行（从网页中，而不是从原始文件中）复制并粘贴到新脚本中。在工作站上本地运行该脚本。看看它是否重现了问题。我打赌不会的。@user2518990这不是重点。关键是它已经是一个正确的bash脚本，您的问题是GridEngine如何执行它，而不是bash，所以您不应该问“bash”问题，而应该问“GridEngine”问题。您知道您的SGE服务器在

/bin/bash

上有一个bash shell吗？Solaris当然没有保存它的历史。如果脚本中没有定义它们，它将如何知道它们代表什么？您实际上是如何运行此脚本的？下面是一个实验：将您在此处发布的行（从网页中，而不是从原始文件中）复制并粘贴到新脚本中。在工作站上本地运行该脚本。看看它是否重现了问题。我打赌不会的。@user2518990这不是重点。关键是它已经是一个正确的bash脚本，您的问题是GridEngine如何执行它，而不是bash，所以您不应该问“bash”问题，而应该问“GridEngine”问题。您知道您的SGE服务器在

/bin/bash

上有一个bash shell吗？Solaris当然没有将其保存在那里的历史。