Web 如何管理网站中的FTP文件同步？

我刚建立了一个个人网站。我是一名iOS开发人员，不太熟悉web开发过程。我正在使用Transmit作为FTP客户端来管理我的网站，我刚刚注意到了同步功能。现在，我该如何做才能进行更改，但不删除FTP服务器上的新数据？每次我在笔记本电脑上更改本地版本的网站时，它不会删除FTP上的一些文件吗