为什么会出现这样的错误:XML内容似乎不是XML

为什么会出现这样的错误:XML内容似乎不是XML,xml,r,parsing,Xml,R,Parsing,我想获取“摘要文档”,但收到一个错误。我该怎么办 代码如下 这里有几件事 首先,您拼错了collapse(!!),这导致粘贴(…)生成垃圾。你看过id列表了吗 第二,即使在修复该问题时,您也在尝试使用包含几乎8400个8个字符字符串的查询字符串发出GET请求。这将生成414错误(请求URI太长)。所以解决这个问题的一种方法是提出多个较小的请求。但我不建议这样做 此查询长度限制不适用于POST请求,因此最好采用这种方式。注意在httr包中使用了GET(…)和POST(…)。这些函数允许您避免烦

我想获取“摘要文档”,但收到一个错误。我该怎么办

代码如下




这里有几件事

首先,您拼错了
collapse
(!!),这导致
粘贴(…)
生成垃圾。你看过id列表了吗

第二,即使在修复该问题时,您也在尝试使用包含几乎8400个8个字符字符串的查询字符串发出GET请求。这将生成414错误(请求URI太长)。所以解决这个问题的一种方法是提出多个较小的请求。但我不建议这样做

此查询长度限制不适用于POST请求,因此最好采用这种方式。注意在
httr
包中使用了
GET(…)
POST(…)
。这些函数允许您避免烦人地使用
sprintf(…)
来构建查询,并生成可读性、可靠性和可复制性更高的代码

library(XML)
library(httr)
url <- "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov"
response <- GET(url,path="entrez/eutils/esearch.fcgi",
                query=list(db="pubmed",term="human genome AND 2014",retmax=9000))
doc      <- content(response,type="text/xml")
ids      <- sapply(doc["//IdList/Id"],xmlValue)

result   <- POST(url,path="entrez/eutils/esummary.fcgi",encode="form",
                 body=list(db="pubmed",id=paste(ids,collapse=",")))
doc      <- content(result,type="text/xml")
库(XML)
图书馆(httr)

谢谢你的回答。这对我真的很有帮助。但我还有一个问题。问:我能看看“文档”文件吗?还有一点我真的很感谢你的回答。
Error: XML content does not seem to be XML: 
library(XML)
library(httr)
url <- "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov"
response <- GET(url,path="entrez/eutils/esearch.fcgi",
                query=list(db="pubmed",term="human genome AND 2014",retmax=9000))
doc      <- content(response,type="text/xml")
ids      <- sapply(doc["//IdList/Id"],xmlValue)

result   <- POST(url,path="entrez/eutils/esummary.fcgi",encode="form",
                 body=list(db="pubmed",id=paste(ids,collapse=",")))
doc      <- content(result,type="text/xml")