Zip bcftools视图的输出格式

我正在使用Bcftools从GVCF文件中提取单个示例VCF

bcftools view -f -Oz -s Sample_name -o output_sample.vcf.gz input_file.vcf.gz 

不幸的是，尽管使用了-Oz标志，但输出的格式似乎不是Bgzip压缩的

    bcftools index output_sample.vcf.gz
the file is not BGZF compressed

有人知道为什么会这样吗？

你也可以试试

bgzip -c outputfile.vcf > outputfile.vcf.gz 

别忘了给你的文件编索引

bcftools index outputfile.vcf.gz 

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谢谢你的回答。我将把bgzip集成到我的管道中，并在最后为文件编制索引。