Anaconda 安装速读时未找到zlib

我使用的是通过anaconda（版本5.2）安装的R（3.4.3）。我已经使用conda安装了zlib。但在尝试安装Bioconductor R软件包时：“速读”我遇到了以下错误：

checking for gzeof in -lz... no
configure: error: zlib not found
ERROR: configuration failed for package ‘ShortRead’

我试着用Bioconductor biocLite和install.packages在R内部安装，但没有成功

我还尝试直接从conda安装：

conda install -c bioconda bioconductor-shortread 
Solving environment: failed
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - bioconductor-shortread
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

这也没用。任何帮助都将不胜感激

另外，我在我工作的机器上没有root权限

我发现其他人也面临这个问题： . 他们认为这可能是康达图书馆的问题

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谢谢，

过去一周我也犯了同样的错误。我尝试了网上提到的关于zlib图书馆的每一件事。我没能把它修好。我在运行时安装了zlib:pkg config zlib--libs；我得到输出：-lz

$pkg config zlib--libs
-lz

我正在运行conda（v4.5.4）。R版本3.4.3，我将R作为conda环境。我认为问题在于多个zlib库（ubuntubase和conda）

不知怎的，我只是让它起作用。我所做的是在ubuntu外壳中安装R（即在conda之外），并在那里安装速读库。与zlib没有冲突/错误。之后，我将核心Rlib目录添加到conda中的libpath中

$.libpath（c（'/home/aridaman/.conda/envs/rstudio/lib/R/library'，'/usr/local/lib/R/site library/'，'/usr/lib/R/site library'，'/usr/lib/R/site library'））

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这并不理想，但不知怎么的对我来说很有效。我很高兴有一个更好的基于conda的解决方案。

我认为问题在于

r-base>3.4.1b2

中

autotools

的配置，但我没有能力解决这个问题。有利的一面是，尽管在预安装期间，

configure

无法找到

zlib

，但是

zlib

实际上存在于具有

r-base

的任何康达环境中，并且在实际安装期间可以链接。我提交了一份申请，但除非问题在

r-base

中得到解决，否则我会做一个

速读叉，跳过检查。它适用于我的
r-base=3.5.1

tldr:
remotes:：install\u github（“brendanf/ShortRead”）
如果您正在运行使用opencv的深度学习算法，并且在安装所有依赖项时未找到zlib，请不要惊慌。我也有同样的问题，原因如下：

如果您安装了像anaconde这样的IDE，您的pip版本将自动设置为
3.4.2
，并且在此版本中
zlib.h
出现问题，因此它将显示错误。因此，您更愿意创建一个虚拟环境并尝试安装最新版本的pip，如果没有，请卸载anaconda并从pip使用jupyter{具有最新的pip版本}
如果您认为pip版本未更新，请使用最新版本进行更新
我在zlib上也遇到了同样的问题。当我运行
remotes:：install\u github（“brendanf/ShortRead”）
时，我在utils:：download.file（url，path，method=download\u method（）中遇到了
错误，quiet=quiet，
。您能建议如何修复它吗？Thanks@Hrant你能发布错误消息的其余部分吗？看起来像是网络问题。你能使用
remotes:：install\u github
成功安装其他软件包吗？这是
remotes
问题，我尝试了
devtools
，它加载了，但抛出了一个错误其他错误：
error:dyn.load（文件，DLLpath=DLLpath，…）中的“ShortRead”导致包或命名空间加载失败：无法加载共享对象'/nfs/users/tg/hhovhannisyan/Software/anaconda2/envs/rstudio3.5/lib/R/lib/library/ShortRead/libs/ShortRead.so'：/nfs/users/tg/hhovhannisyan/Software/anaconda2/envs/rstudio3.5/lib/R/libs/ShortRead.so:未定义符号：gzeof错误：加载失败执行已暂停
现在看起来您实际上是一个您缺少zlib，或者它是一个不兼容的版本。使用
conda list zlib
，您得到了什么？@Hrant我刚才在我的系统上尝试了以下操作：
conda create-n zlibtest r-base=3.5.1 r-推荐的r-remotes
，然后是
conda activate zlibtest
。然后，在r中，
remotes:：install\u github（“brendanf/ShortRead”）
。这是成功的。如果这对您不起作用，那么一定是系统特定的问题。
export LD_LIBRARY_PATH=/pathtozlib/zlib/lib