Arrays 使用递归指针与OpenACC进行并行FOR循环
我有一个与OpenMP并行的FOR循环:Arrays 使用递归指针与OpenACC进行并行FOR循环,arrays,c,pointers,parallel-processing,openacc,Arrays,C,Pointers,Parallel Processing,Openacc,我有一个与OpenMP并行的FOR循环: #pragma omp parallel用于默认(无)私有(k,cell)共享(sim,mesh) 对于(i=0;incells;i++){ 单元=&(网格->单元[i]); 对于(k=0;knvar;k++){ 单元格->U_辅助[k]=单元格->U[k]; cell->U[k]=sim->dt*((cell->w2->fL_星[k]-cell->w4->fR_星[k])/cell->dx+(cell->w3->fL_星[k]-cell->w1->fR
#pragma omp parallel用于默认(无)私有(k,cell)共享(sim,mesh)
对于(i=0;incells;i++){
单元=&(网格->单元[i]);
对于(k=0;knvar;k++){
单元格->U_辅助[k]=单元格->U[k];
cell->U[k]=sim->dt*((cell->w2->fL_星[k]-cell->w4->fR_星[k])/cell->dx+(cell->w3->fL_星[k]-cell->w1->fR_星[k]/cell->dy+(cell->w6->fL_星[k]-cell->w5->fR_星[k])/cell->dz);
}
}
}
使用cell
指向Esstructuremesh
中单元格数组的指针。我想将它与OpenACC并行
结构sim
仅包括标量,但结构mesh
包括1D数组cell
和wall
struct\u网格_{
int ncells;
t_细胞*细胞;
t_墙*墙;
//以及此函数中未使用的其他变量。。。
};
其中结构单元定义为:
struct\u单元_{
双dx,dy,dz;
双*U,*U_辅助;
墙*w1、*w2、*w3、*w4、*w5、*w6;
//以及此函数中未使用的其他变量。。。
};
请注意,*U、*U_aux
是小的1D数组,但*w1、*w2、*w3、*w4、*w5、*w6
是指向数组墙的指针:
struct\u墙_{
双星*fR_星,*fL_星;
//以及此函数中未使用的其他变量。。。
};
其中fR_星
和fL_星
是小的一维阵列
?我应该如何定义OpenACC pragma并管理内存
提前谢谢
[编辑]
在下面所附的脚本中,显示了结构的创建和分配,以及在感兴趣的循环中使用的指针。守则的大部分部分已被省略,只保留了问题中提到的部分:
//省略了宏
////////////////////////////////////////////////////
//////////////S T R U C T U R E S///////////////
////////////////////////////////////////////////////
类型定义结构t_节点t_节点;
类型定义结构t_单元t_单元;
typedef struct_wall_uu_wall;
typedef struct_mesh_u_mesh;
typedef struct_sim__sim;
结构t_节点_{
int-id;
双x,y;
};
结构t_单元_{
int-id;
int l,m;
double*U;//单元格值变量数组
双dx,dy;
双xc,yc;
int n1、n2、n3、n4;
int w1_id、w2_id、w3_id、w4_id;
t_wall*w1,*w2,*w3,*w4;//指向网格的指针->墙
};
结构t_墙_{
int-id;
双*fR_星,*fL_星;//每面墙的左右通量阵列(与U相同的尺寸)
内部单元id,单元id;
t_cell*cellR,*cellL;//指向墙的左右单元格的指针(网格->单元格)
双nx,纽约;
};
结构t_网格_{
int xcells,ycells;
双dx,dy;
int ncells;//单元格数
int nwalls;//墙的数量
内nnodes;
t_cell*cell;//单元结构数组
t_wall*wall;//墙结构数组
t_node*node;//节点结构数组
t_sim*sim;
};
结构t_sim_{
双dt,t,CFL;
双tf,tVolc;
内部rk_台阶;
整数阶;
int nvar;//变量的数量(U的维度、fR_星、fL_星…)
};
////////////////////////////////////////////////////
//////F U N C T I O N D F I T I O N//////
////////////////////////////////////////////////////
int create_mesh(t_mesh*mesh,t_sim*sim);
无效更新单元1(t_网格*网格,t_sim*sim);
////////////////////////////////////////////////////
//////P R E-P R O C.F U N C T I O N S///////
////////////////////////////////////////////////////
int创建网格(t网格*网格,t网格*sim){
int i,l,m,k,aux,p;
int xcells,ycells;
t_细胞*细胞;
t_墙*墙;
t_节点*节点;
内半学者;
mesh->sim=sim;
//细胞
xcells=网格->xcells;
Y细胞=网格->Y细胞;
网格->ncells=xcells*ccells;
网格->单元=(t_单元*)malloc(网格->ncells*大小(t_单元));
单元=网格->单元;
//墙
网格->nwalls=2*网格->ncells+xcells+mesh->Y网格;
网格->墙=(t_墙*)malloc(网格->nwalls*尺寸(t_墙));
墙=网格->墙;
对于(k=0;knwalls;k++){
墙[k].id=k;
墙[k].fR_星=(双*)malloc(sim->nvar*sizeof(双));
墙[k].fL_星=(双*)malloc(sim->nvar*大小(双));
}
//单元的墙和节点
对于(m=0;mwall
单元[k].w3=&(网格->墙[cell[k].w3_id]);//墙
// ...
// ...
}
}
//墙相邻细胞的分配
对于(m=0;mcellR=&(单元[k]);
单元[k].w4->cellR=&(单元[k]);
单元格[k].w2->cellL=&(单元格[k]);
单元格[k].w3->cellL=&(单元格[k]);
//...
//其他特殊情况省略
//...
}
}
//单元和墙中变量“U”数组的分配
对于(k=0;kncells;k++){
网格->单元[k].U=(双*)malloc(sim->nvar*sizeof(双));
}
返回1;
}
void update_cellK1(t_mesh*mesh,t_sim*sim){
int i,k;
t_细胞*细胞;
#pragma omp parallel用于默认(无)私有(k,单元)共享(sim,网格)
对于(i=0;incells;i++){
单元=&(网格->单元[i]);
对于(k=0;knvar;k++){
cell->U[k]-=sim->dt*((cell->w2->fL_星[k]-cell->w4->fR_星[k])/cell->dx+(cell->w3->fL_星[k]-cell->w1->fR_星[k])/cell->dy);
}
}
}
////////////////////////////////////////////////////
////////////////////我是伊恩///////////////////////
////////////////////////////////////////////////////
int main(int argc,char*argv[]){
int i,j,k,p;
t_网格*网格;
t_sim*sim;
双tf,t;
int nIt;
双时间交流;
omp_设置_数量_线程(n线程);
//Mesh和sim分配
网格=(t_网格*)malloc(sizeof(t_网格));
sim=(t_sim*)malloc(sizeof(t_sim));
/
//macros omitted
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#ifdef _OPENACC
#include <openacc.h>
#endif
////////////////////////////////////////////////////
////////////// S T R U C T U R E S ///////////////
////////////////////////////////////////////////////
typedef struct t_node_ t_node;
typedef struct t_cell_ t_cell;
typedef struct t_wall_ t_wall;
typedef struct t_mesh_ t_mesh;
typedef struct t_sim_ t_sim;
struct t_node_{
int id;
double x,y;
};
struct t_cell_{
int id;
int l,m;
double *U; //array of cell-valued variables
double dx,dy;
double xc,yc;
int n1,n2,n3,n4;
int w1_id,w2_id,w3_id,w4_id;
t_wall *w1, *w2, *w3, *w4; //pointers to mesh->wall
};
struct t_wall_{
int id;
double *fR_star,*fL_star; //array of left and right fluxes at each wall (same dimension than U)
int cellR_id, cellL_id;
t_cell *cellR, *cellL; //pointers to the right and left cells of the wall (mesh->cell)
double nx, ny;
};
struct t_mesh_{
int xcells, ycells;
double dx, dy;
int ncells; //number of cells
int nwalls; //number of walls
int nnodes;
t_cell *cell; //array of cell structures
t_wall *wall; //array of wall structures
t_node *node; //array of node structures
t_sim *sim;
};
struct t_sim_{
double dt,t,CFL;
double tf, tVolc;
int rk_steps;
int order;
int nvar; //number of variables (dimension of U, fR_star, fL_star...)
};
////////////////////////////////////////////////////
////// F U N C T I O N D E F I N I T I O N //////
////////////////////////////////////////////////////
int create_mesh(t_mesh *mesh,t_sim *sim);
void update_cellK1(t_mesh *mesh, t_sim *sim);
////////////////////////////////////////////////////
////// P R E - P R O C. F U N C T I O N S ///////
////////////////////////////////////////////////////
int create_mesh(t_mesh *mesh, t_sim *sim){
int i,l,m,k,aux,p;
int xcells,ycells;
t_cell *cell;
t_wall *wall;
t_node *node;
int semiSt;
mesh->sim=sim;
//Cells
xcells=mesh->xcells;
ycells=mesh->ycells;
mesh->ncells=xcells*ycells;
mesh->cell=(t_cell*)malloc(mesh->ncells*sizeof(t_cell));
cell=mesh->cell;
//Walls
mesh->nwalls=2*mesh->ncells+xcells+mesh->ycells;
mesh->wall=(t_wall*)malloc(mesh->nwalls*sizeof(t_wall));
#ifdef _OPENACC
acc_attach((void**)&mesh->sim);
#pragma acc update device(mesh->ncells,mesh->nwalls)
#pragma acc enter data create(mesh->cell[:mesh->ncells],mesh->wall[:mesh->nwalls])
#endif
wall=mesh->wall;
for(k=0;k<mesh->nwalls;k++){
wall[k].id=k;
wall[k].fR_star=(double*)malloc(sim->nvar*sizeof(double));
wall[k].fL_star=(double*)malloc(sim->nvar*sizeof(double));
#pragma acc enter data create(wall[k].fR_star[:sim->nvar], wall[k].fL_star[:sim->nvar])
}
//Walls and nodes of the cells
for(m=0;m<ycells-1;m++){
for(l=0;l<xcells-1;l++){
k=xcells*m+l;
cell[k].id=k;
cell[k].l=l;
cell[k].m=m;
cell[k].w1_id=2*(k)+m;
// ...
cell[k].w1=&(mesh->wall[cell[k].w1_id]); // <------- cells' walls used in function "update_cellK1()" are pointers to mesh->wall
cell[k].w2=&(mesh->wall[cell[k].w2_id]); // <------- cells' walls used in function "update_cellK1()" are pointers to mesh->wall
cell[k].w3=&(mesh->wall[cell[k].w3_id]); // <------- cells' walls used in function "update_cellK1()" are pointers to mesh->wall
cell[k].w4=&(mesh->wall[cell[k].w4_id]); // <------- cells' walls used in function "update_cellK1()" are pointers to mesh->wall
// ...
// ...
#ifdef _OPENACC
#pragma acc update device(cell[k:1])
acc_attach((void**)&cell[k].w1);
acc_attach((void**)&cell[k].w2);
acc_attach((void**)&cell[k].w3);
acc_attach((void**)&cell[k].w4);
#endif
}
}
//Assigment of wall's neighbour cells
for(m=0;m<ycells;m++){
for(l=0;l<xcells;l++){
k=xcells*m+l;
cell[k].w1->cellR_id=cell[k].id;
// ...
cell[k].w1->cellR=&(cell[k]);
cell[k].w4->cellR=&(cell[k]);
cell[k].w2->cellL=&(cell[k]);
cell[k].w3->cellL=&(cell[k]);
//...
//other special cases omitted
//...
#ifdef _OPENACC
#pragma acc update device(cell[k].w1->cellR_id)
acc_attach((void**)&cell[k].w1->cellR);
acc_attach((void**)&cell[k].w4->cellR);
acc_attach((void**)&cell[k].w2->cellL);
acc_attach((void**)&cell[k].w3->cellL);
#endif
}
}
//Allocation of arrays of variables "U" in cells and walls
for(k=0;k<mesh->ncells;k++){
mesh->cell[k].U =(double*)malloc(sim->nvar*sizeof(double));
#pragma acc enter data create(mesh->cell[k].U[:sim->nvar])
}
return 1;
}
void update_cellK1(t_mesh *mesh, t_sim *sim){
int i,k;
t_cell *cell;
#pragma acc parallel loop present(mesh,sim) private(cell)
for(i=0;i<mesh->ncells;i++){
cell=&(mesh->cell[i]);
for(k=0;k<sim->nvar;k++){
cell->U[k]-=sim->dt*((cell->w2->fL_star[k]-cell->w4->fR_star[k])/cell->dx + (cell->w3->fL_star[k]-cell->w1->fR_star[k])/cell->dy);
}
}
}
////////////////////////////////////////////////////
//////////////////// M A I N ///////////////////////
////////////////////////////////////////////////////
int main(int argc, char * argv[]){
int i, j, k, p;
t_mesh *mesh;
t_sim *sim;
double tf,t;
int nIt;
double timeac;
//Mesh and sim allocation
mesh=(t_mesh*)malloc(sizeof(t_mesh));
sim =(t_sim*)malloc(sizeof(t_sim));
////////////////////////////////////////////////////
////////////// P R E - P R O C E S S ///////////////
////////////////////////////////////////////////////
//...
//variable initialization and file reading omitted
//cell->dx= ...
//cell->dy= ...
//...
#pragma acc enter data copyin(mesh[:1]) create(sim[:1])
create_mesh(mesh,sim);
// update_initial(mesh); //this function (omitted) assings the initial values of cell[k].U[0] ... cell[k].U[4]
////////////////////////////////////////////////////
////////////// C A L C U L A T I O N ///////////////
////////////////////////////////////////////////////
tf=sim->tf;
sim->t=0.0;
t=0.0;
// while(t<tf){
// compute_fluxes(mesh,sim); //this function (omitted) computes *fR_star,*fL_star of walls (line 32), which are then used in "update_cellK1()"
// update_dt(mesh,sim); //this function (omitted) computes sim->dt
update_cellK1(mesh,sim);
// t+=sim->dt; //Time updated
// sim->t=t;
// }
return 1;
}