Arrays 距阵列的编辑距离百分比

我试图从一组序列中获取编辑距离的百分比。到目前为止，这就是我所拥有的：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Text::Levenshtein qw(distance);

my @sequence = qw(CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------ 
CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------ 
CA--------S-------------------SLVFGQGDNIQY---F------  
RA--------S-------------------SLIYSP----LH---F------);


foreach my $list (@sequence){
    my @distance = distance($list, @sequence);
    my @length = $list =~ tr/[A-Z]///;
}

我能够根据长度为

@length

的字母获得编辑距离和每个序列的长度。如果打印，结果如下所示：

@距离

0 0 13 14
0 0 13 14
13 13 0 11 
14 14 11 0

@length

13
13
16
12

由于

@length

的每一行与

@sequence

的每一行相等，因此在比较这两行时，我想使用最大的

@length

来获得百分比。因此，当第二个和第三个序列之间有一个编辑距离时，它将使用长度16而不是13来获得百分比。我认为需要做的是只调用

@length

数组中的两个元素，然后选择较大的元素放入百分比，可能使用

if

语句

我知道这个代码是错误的，但这通常是我的想法：

foreach my  $list (@sequence){
        my @distance = distance($list, @sequence);      
        my @length = $list =~ tr/[A-Z]//;                # / syntax hilite fix

        foreach my $item(@distance){
                foreach @length {
                        my $num1 = if $length[0] >= $length[1];
                                 print "$item/$num1\n";
                        else my $num2 = $length[1] >= $length[0];
                                print "$item/$num2\n";
                }
        }
}

答案应类似于以下内容：

0 0 .8125 1.0769 0 0 .8125 1.0769 .8125 .8125 0 .6875 1.0769 1.0769 .6875 0 0 0 .8125 1.0769 0 0 .8125 1.0769 .8125 .8125 0 .6875 1.0769 1.0769 .6875 0

---

试试这个。总而言之：我们计算了两个数据对之间的编辑距离 串。对于每一对，我们要确定距离的分数和最大字符数（

A-Z

）。最大字符数被视为该对中两个项目的最大字符数

use strict;
use warnings;

use Text::Levenshtein qw(distance);

my @sequence = qw(
        CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------
        CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------
        CA--------S-------------------SLVFGQGDNIQY---F------
        RA--------S-------------------SLIYSP----LH---F------
);

my @length = map { tr/[A-Z]// } @sequence;

for my $i (0..$#sequence) {
    my $list = $sequence[$i];
    my @distance = distance($list, @sequence);
    my $num1 = $length[$i];
    for my $j (0..$#distance) {
        my $item = $distance[$j];
        my $num2 = $length[$j];
        my $num = ( $num2 > $num1 ) ? $num2 : $num1;
        printf "%.4f ", $item/$num;
    }
    print "\n";
}

输出：

0.0000 0.0000 0.8125 1.0769 
0.0000 0.0000 0.8125 1.0769 
0.8125 0.8125 0.0000 0.6875 
1.0769 1.0769 0.6875 0.0000 

---

干得好。顺便说一句，在带有正则表达式的行中添加类似于

#/

的注释将关闭文章其余部分的错误语法突出显示。有时你不得不使用它，这取决于正则表达式中的设置。在这里，我希望

#/

能做到这一点。@zdim谢谢。stackexchange.com使用。如果您愿意，我们可以尝试使用Perl语法高亮显示解决一些问题，以便（似乎我们需要用Javascript编写修补程序：）在挪威过一个愉快的圣诞节。感谢您的良好祝愿。我可能在俄勒冈州的一座山上瞥见了挪威，那里有雪足，阳光充足。（但不知怎么的，我觉得20华氏度太暖和了？）我希望你有一个愉快的假期。这是一个非常好的主意，实际上是为了解决问题！（我不知道怎么做。）至于JS，这将是我最终进入它的一个机会。@zdim嗨zdim。实际上，挪威的气候变化很大。我住在西海岸的卑尔根，这里不那么冷：）我从未去过俄勒冈州，但15年前我去过加利福尼亚。。。无论如何，我创建了一个谷歌代码美化GitHub库的分支。让我们继续讨论。再见。