用awk计算距离

我有如下所示的文本文件

 CA     21.660  -6.795  11.323 
  C     28.811  -9.801  16.262
  O     23.221  -9.266  13.799
  CB    33.528 -11.934  17.900
  N     21.660  -6.795  11.323
  O     32.410  -8.539  16.566

我想计算原子坐标之间的距离。例如，我想读取文件夹中的所有文件并计算第一个和第二个原子、第一个和第三个原子、第一个和第四个原子等之间的距离。然后，第二个和第三个原子、第二个和第四个原子、第二个和第五个原子等。公式是SQRT（（X1-X2）^2+（Y1-Y2）^2+（Z1-Z2）^2）。我想用输入文件的名称将每个文件的输出保存到另一个文件夹中。我怎样才能用awk做到这一点

期望输出

CA-C  4.52
CA-O  3.80
CA-CB 5.68
CA-N  8.94
--
--
--
N-O   5.98 

---

谢谢你的帮助

这样的结果听起来像是你想要的，但显然两个结果都不符合你所说的，因此它们应该澄清你的算法：

$ awk 'NR>1{print p[1]"-"$1,sqrt((p[2]-$2)^2 + (p[3]-$3)^2 + (p[4]-$4)^2)} {split($0,p) }' file
CA-C 9.19601
C-O 6.13194
O-CB 11.4092
CB-N 14.5092
N-O 12.0869

$ awk 'NR>1{print p[1]"-"$1,sqrt(($2-p[2])^2 + ($3-p[3])^2 + ($4-p[4])^2)} {split($0,p) }' file
CA-C 9.19601
C-O 6.13194
O-CB 11.4092
CB-N 14.5092
N-O 12.0869

---

如果atoms是包含您的数据的文件

awk '{ p[NR,0]=$1;p[NR,1]=$2;p[NR,2]=$3;p[NR,3]=$4; for (j=1;j<=NR-1;j++) print p[j,0]"-"$1,sqrt((p[NR,1]-p[j,1])^2+(p[NR,2]-p[j,2])^2+(p[NR,3]-p[j,3])^2) }' atoms 
CA-C 9.19601
CA-O 3.83055
C-O 6.13194
CA-CB 14.5092
C-CB 5.42981
O-CB 11.4092
CA-N 0
C-N 9.19601
O-N 3.83055
CB-N 14.5092
CA-O 12.0869
C-O 3.82595
O-O 9.62406
CB-O 3.81517
N-O 12.0869

---

awk'{p[NR，0]=$1；p[NR，1]=$2；p[NR，2]=$3；p[NR，3]=$4；对于（j=1；j这里有一种使用
gnuawk
的方法：

awk 'FNR==NR { a[NR]=$0; next } { for (i=FNR+1;i<=NR-1;i++) { split(a[i],b); print $1 "-" b[1], sqrt(($2-b[2])^2 + ($3-b[3])^2 + ($4-b[4])^2) | "column -t" } NR--}' file file

如果需要对当前工作目录中的多个文件执行此操作，并且假设此目录中只有感兴趣的文件，则可以围绕
awk
语句包装
for
循环。显然，您需要将
/path/to/folder/
更改为您选择的路径，以使其正常工作：

for i in *; do awk 'FNR==NR { a[NR]=$0; next } { for (i=FNR+1;i<=NR-1;i++) { split(a[i],b); print $1 "-" b[1], sqrt(($2-b[2])^2 + ($3-b[3])^2 + ($4-b[4])^2) | "column -t > /path/to/folder/" FILENAME } NR--}' "$i"{,}; done

for i in*；do awk'FNR==NR{a[NR]=0；next}{for（i=FNR+1；i以下是awk中的代码：

awk '{a[NR]=$0}
     END
     { 
       for(i=1;i<=NR;i++)
        {split(a[i],k);
         for(j=i+1;j<=NR;j++)
          {
           split(a[j],l);
           dist=(k[2]-l[2])*(k[2]-l[2])+(k[3]-l[3])*(k[3]-l[3])+(k[4]-l[4])*(k[4]-l[4]);
           print k[1]"-"l[1],sqrt(dist);
          }
        }
     }' your_file

执行：

> awk '{a[NR]=$0}END{for(i=1;i<=NR;i++){split(a[i],k);for(j=i+1;j<=NR;j++){split(a[j],l);dist=(k[2]-l[2])*(k[2]-l[2])+(k[3]-l[3])*(k[3]-l[3])+(k[4]-l[4])*(k[4]-l[4]);print k[1]"-"l[1],sqrt(dist);}}}' temp
CA-C 9.19601
CA-O 3.83055
CA-CB 14.5092
CA-N 0
CA-O 12.0869
C-O 6.13194
C-CB 5.42981
C-N 9.19601
C-O 3.82595
O-CB 11.4092
O-N 3.83055
O-O 9.62406
CB-N 14.5092
CB-O 3.81517
N-O 12.0869
> 

>awk'{a[NR]=$0}END{for（i=1；iPerl解决方案可以是：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my @data = map [split], <DATA>;

for (my $i = 0; $i < @data; $i++) {
    for (my $j = $i+1; $j < @data; $j++) {
        my $d = distance( @data[$i, $j]);
        printf("%-6s%7.4f\n",
            join("-", map $_->[0], @data[$i, $j]), $d) if $d <= 6;
    }
}

sub distance {
    my ($coord1, $coord2) = @_;
    my $sum;
    for my $k (1 .. $#$coord1) {
        $sum += ($coord1->[$k] - $coord2->[$k])**2;
    }
    return sqrt $sum;
}

__DATA__
CA     21.660  -6.795  11.323 
C     28.811  -9.801  16.262
O     23.221  -9.266  13.799
CB    33.528 -11.934  17.900
N     21.660  -6.795  11.323
O     32.410  -8.539  16.566

！/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
my@data=map[split]；
对于（我的$i=0；$i<@data；$i++）{
对于（my$j=$i+1；$j<@data；$j++）{
my$d=距离（@data[$i，$j]）；
printf（“%-6s%7.4f\n”，
如果$d[$k]-$coord2->[$k]）**2，则加入（“-”，map$\->[0]，@data[$i，$j]），$d）；
}
返回sqrt$sum；
}
__资料__
CA 21.660-6.795 11.323
C 28.811-9.80116.262
O 23.221-9.266 13.799
CB 33.528-11.934 17.900
N 21.660-6.795 11.323
O 32.410-8.539 16.566
可以从学习awk开始。或者您希望我们提供解决方案吗？如果您有与编程相关的特定问题，请说出它的名称。
> awk '{a[NR]=$0}END{for(i=1;i<=NR;i++){split(a[i],k);for(j=i+1;j<=NR;j++){split(a[j],l);dist=(k[2]-l[2])*(k[2]-l[2])+(k[3]-l[3])*(k[3]-l[3])+(k[4]-l[4])*(k[4]-l[4]);print k[1]"-"l[1],sqrt(dist);}}}' temp
CA-C 9.19601
CA-O 3.83055
CA-CB 14.5092
CA-N 0
CA-O 12.0869
C-O 6.13194
C-CB 5.42981
C-N 9.19601
C-O 3.82595
O-CB 11.4092
O-N 3.83055
O-O 9.62406
CB-N 14.5092
CB-O 3.81517
N-O 12.0869
> 

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my @data = map [split], <DATA>;

for (my $i = 0; $i < @data; $i++) {
    for (my $j = $i+1; $j < @data; $j++) {
        my $d = distance( @data[$i, $j]);
        printf("%-6s%7.4f\n",
            join("-", map $_->[0], @data[$i, $j]), $d) if $d <= 6;
    }
}

sub distance {
    my ($coord1, $coord2) = @_;
    my $sum;
    for my $k (1 .. $#$coord1) {
        $sum += ($coord1->[$k] - $coord2->[$k])**2;
    }
    return sqrt $sum;
}

__DATA__
CA     21.660  -6.795  11.323 
C     28.811  -9.801  16.262
O     23.221  -9.266  13.799
CB    33.528 -11.934  17.900
N     21.660  -6.795  11.323
O     32.410  -8.539  16.566