Awk 局部爆炸的长度选项
我有一个相对较大的blastn输出文件。由于没有指定查询序列的最小核苷酸长度的选项,我的想法是在blast运行之后使用awk搜索它 该文件的一个示例如下:Awk 局部爆炸的长度选项,awk,blast,Awk,Blast,我有一个相对较大的blastn输出文件。由于没有指定查询序列的最小核苷酸长度的选项,我的想法是在blast运行之后使用awk搜索它 该文件的一个示例如下: > abc Length=4553119 Score = 273 bits (302), Expect = 3e-74 Identities = 151/151 (100%), Gaps = 0/151 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 CCCACATCGAACTCGACGGTGAC
> abc
Length=4553119
Score = 273 bits (302), Expect = 3e-74
Identities = 151/151 (100%), Gaps = 0/151 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCCACATCGAACTCGACGGTGACCATTCCCATGTTGCGCCGGGACGCCGAGTAGACGTGC 60
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Sbjct 4297151 CCCACATCGAACTCGACGGTGACCATTCCCATGTTGCGCCGGGACGCCGAGTAGACGTGC 4297210
Query 61 TTGACCCCCGGAATTTCGCTCATGATGCGCTCGAGCGGCTGCATCGCCAGGTTCGACACC 120
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Sbjct 4297211 TTGACCCCCGGAATTTCGCTCATGATGCGCTCGAGCGGCTGCATCGCCAGGTTCGACACC 4297270
Query 121 TGCTGCGCGGAGGCCCCCGGGTACTGCACCA 151
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Sbjct 4297271 TGCTGCGCGGAGGCCCCCGGGTACTGCACCA 4297301
Score = 28.3 bits (30), Expect = 1.7
Identities = 15/15 (100%), Gaps = 0/15 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 97 GGCTGCATCGCCAGG 111
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Sbjct 63261 GGCTGCATCGCCAGG 63247
使用awk,我正在搜索包含标识=[>=50]
awk 'Identities = >= 50'
我不关心这行的其余部分(从/151(100%)
开始)
但是我得到了一个语法错误,那么如何将“大于等于”放在其中呢?很抱歉不清楚,我想要一个大于50的值,14只是一个例子;我想要所有带50/[xx]的字符串抱歉,当您说
我不关心行的其余部分(从/151(100%)开始)时,我相应地更改了我的问题。
您的意思是不希望它作为输入比较的一部分进行测试,还是不希望它作为输出的一部分打印,或者两者都打印,或者其他什么?您的问题将显示准确的预期输出,以帮助澄清。英语要求是有用的,但含糊不清-完整的具体例子是非常必要的!好的,实际上我解决这个问题的想法和你建议的不同。。。无论如何,我的最终目标是使用此搜索模式并打印第5行(从标识
行开始计算,因此以Sbjct
开头的行),如果满足条件(>=50),请在问题中说明您实际使用Compile做了什么,可测试的样本输入和预期输出,如果要打印以Sbjct
开头的行或identification
之后的5行,或者如果两个标准中的任何一个都起作用,或者其他什么,请务必清楚。如果你能清楚地说明你想要的是什么,听起来你想要的可能是绝对微不足道的。
$ awk '/Identities =/ && ($3+0)>=50' file
Identities = 151/151 (100%), Gaps = 0/151 (0%)