awk使用另一个文件的内容更新out文件字段中的值

在下面的

out.txt

中，我试图使用

awk

更新

$9

的内容。

out.txt

由

awk

在管道

|

之前创建。如果

$9

包含

+

或

-

，则

out.txt的
$8
用作在
文件2的
$2
中查找的键。当找到匹配项（总是有一个）时，该
文件2的
$3
值用于更新
out.txt的
$9
，并用
分隔：
。因此
out.txt中的原始
+6
将是
+6:NM\u 005101.3
。下面的
awk
很接近，但是
|
后面有语法错误，我似乎无法修复。谢谢：）

out.txt
制表符分隔

R_Index Chr Start   End Ref Alt Func.IDP.refGene    Gene.IDP.refGene    GeneDetail.IDP.refGene  Inheritence ExonicFunc.IDP.refGene  AAChange.IDP.refGene
1   chr1    948846  948846  -   A   upstream    ISG15   -0     .    .   .
2   chr1    948870  948870  C   G   UTR5    ISG15   NM_005101.3:c.-84C>G    .   .
4   chr1    949925  949925  C   T   downstream  ISG15   +6  .   .   .
5   chr1    207646923   207646923   G   A   intronic    CR2 >50 .   .   .
8   chr1    948840  948840  -   C   upstream    ISG15   -6  .   .   .

2 ISG15 NM_005101.3 948846-948956 949363-949919

文件2
空格分隔

R_Index Chr Start   End Ref Alt Func.IDP.refGene    Gene.IDP.refGene    GeneDetail.IDP.refGene  Inheritence ExonicFunc.IDP.refGene  AAChange.IDP.refGene
1   chr1    948846  948846  -   A   upstream    ISG15   -0     .    .   .
2   chr1    948870  948870  C   G   UTR5    ISG15   NM_005101.3:c.-84C>G    .   .
4   chr1    949925  949925  C   T   downstream  ISG15   +6  .   .   .
5   chr1    207646923   207646923   G   A   intronic    CR2 >50 .   .   .
8   chr1    948840  948840  -   C   upstream    ISG15   -6  .   .   .

2 ISG15 NM_005101.3 948846-948956 949363-949919

所需输出“制表符分隔”

R_Index Chr Start   End Ref Alt Func.IDP.refGene    Gene.IDP.refGene    GeneDetail.IDP.refGene  Inheritence ExonicFunc.IDP.refGene  AAChange.IDP.refGene
1   chr1    948846  948846  -   A   upstream    ISG15   -0:NM_005101.3  .   .   .
2   chr1    948870  948870  C   G   UTR5    ISG15   NM_005101.3:c.-84C>G    .   .
4   chr1    949925  949925  C   T   downstream  ISG15   +6:NM_005101.3  .   .   .
5   chr1    207646923   207646923   G   A   intronic    CR2 >50 .   .   .
8   chr1    948840  948840  -   C   upstream    ISG15   -6:NM_005101.3  .   .   .

说明

lines 1, 3, 5 `$9` updated with`: ` and value of `$3` in `file2`
line 2 and 4 are skipped as these do not have a `+` or `-` in them 

awk

awk -v extra=50 -v OFS='\t' '
NR == FNR {
count[$2] = $1
for(i = 1; i <= $1; i++) {
low[$2, i] = $(2 + 2 * i)
high[$2, i] = $(3 + 2 * i)
mid[$2, i] = (low[$2, i] + high[$2, i]) / 2
}
next
}
    FNR != 1 && $9 == "." && $12 == "." && $8 in count {
    for(i = 1; i <= count[$8]; i++)
    if($4 >= (low[$8, i] - extra) && $4 <= (high[$8, i] + extra)) {
    if($4 > mid[$8, i]) {
    sign = "+"
    value = high[$8, i]
} 
    else {
    sign = "-"
    value = low[$8, i]
}
    diff = (value > $4) ? value - $4 : $4 - value
    $9 = (diff > 50) ? ">50" : (sign diff)
    break
}
   if(i > count[$8]) {
   $9 = ">50"
}
   }
   1
   ' FS='[- ]' file2 FS='\t' file1 | awk if($6 == "-" || $6 == "+") printf ":" ; 'FNR==NR {a[$2]=$3; next} a[$8]{$3=a[$8]}1' OFS='\t' file2 > final.txt
bash: syntax error near unexpected token `('

awk-v额外=50-v OFS='\t''
NR==FNR{
计数[$2]=$1
对于（i=1；i$4）？值-$4:$4-值
$9=（差异>50）？“>50”：（符号差异）
打破
}
如果（i>计数[$8]）{
$9 = ">50"
}
}
1.
'FS='[-]'file2 FS='\t'file1 | awk如果（$6==“-”| |$6==“+”）printf:“；”FNR==NR{a[$2]=$3；next}a[$8]{$3=a[$8]}1'OFS='\t'file2>final.txt
bash:意外标记“（”附近出现语法错误
据我所知，您的awk代码是正常的，而您的bash用法是错误的

FS='[- ]' file2 FS='\t' file1 |
  awk if($6 == "-" || $6 == "+")
      printf ":" ;
  'FNR==NR {a[$2]=$3; next}
   a[$8]{$3=a[$8]}1' OFS='\t' file2 > final.txt
bash: syntax error near unexpected token `('

我不知道该怎么做。但这是肯定的：在第二行，awk代码需要被引用（
awk'if（…
）。bash错误消息源于bash正在解释（未引用的）awk代码，并且
（
在
之后不是有效的shell脚本标记如果
是，我需要缩进是否有标准格式或是否按块缩进或其他方式。谢谢：）。我在帖子中缩进了
awk
，并消除了
if
语法错误，但得到了一个意外的标记。我是否正确调用了第二个
awk
？第二个
awk'执行了对
out.txt`到
file2
的查找，然后更新。谢谢：）。虽然您在此处或那里插入了几行代码，但缩进仍然没有用。当您缩进代码时，它是为了显示行之间的逻辑关系，以便为
if
或
或
编码
中的内容，而
块将缩进，等等。请编写第二个脚本的语法，idk如何知道语法to编写第一个脚本，但不知道如何编写第二个脚本，但首先要更改您必须更改的内容
awk'$6==”-“| |$6==”+“{printf”：“}FNR==NR{a[$2]=$3；下一个}a[$8]{$3=a[$8]}1”
idk，如果这在语义上有意义，但应该删除语法错误消息FWIW。我将阅读更多有关缩进的内容……谢谢：）.非常感谢你们两位：）。