通过AWK向（VCF文件的）指定列的值添加前缀

我正在使用带有大量列的制表符分隔文件（VCF文件）（下面是一个小示例）

在第1列（染色体名称）中，我有从1到26的数字（例如1,2，…25,26）。我想在1到9的数字中添加HanXRQChr0前缀，在10到26的数字中添加HanXRQChr0前缀。所有其他列中的值应保持不变。 目前，我尝试了一个

sed

解决方案，但输出不完全正确（最后一个管道不工作）：

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如何通过AWK实现这一点？我认为在我的情况下使用

AWK

会更安全，只直接更改文件的第1列。

由于您没有提供示例输入，下面是一个包含模拟数据的脚本

$ seq 1 3 30 | awk '1<=$1 && $1<=26 {$1=sprintf("HanXRQChr%02d",$1)}1'
HanXRQChr01
HanXRQChr04
HanXRQChr07
HanXRQChr10
HanXRQChr13
HanXRQChr16
HanXRQChr19
HanXRQChr22
HanXRQChr25
28

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由于您没有提供示例输入，下面是一个包含模拟数据的脚本

$ seq 1 3 30 | awk '1<=$1 && $1<=26 {$1=sprintf("HanXRQChr%02d",$1)}1'
HanXRQChr01
HanXRQChr04
HanXRQChr07
HanXRQChr10
HanXRQChr13
HanXRQChr16
HanXRQChr19
HanXRQChr22
HanXRQChr25
28

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你能试试下面的吗

awk -v first="HanXRQChr0" -v second="HanXRQChr" '
$1>=1 && $1<=9{
  $1=first $1
}
$1>=10 && $1<=26{
  $1=second $1
}
1' Input_file

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你能试试下面的吗

awk -v first="HanXRQChr0" -v second="HanXRQChr" '
$1>=1 && $1<=9{
  $1=first $1
}
$1>=10 && $1<=26{
  $1=second $1
}
1' Input_file

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请在输入和输出的代码标签中添加示例，也请尝试添加您为解决此问题所付出的努力，然后让我们知道。虽然可以在Awk中完成，但作为一般规则，如果您问“如何在（Awk | sh）中使用I”，答案是“不要，使用perl”。如果不清楚如何做，awk或sh是错误的工具。请在输入和输出的代码标签中添加示例，也尝试添加您为解决此问题所付出的努力，然后让我们知道。虽然可以在awk中完成，但作为一般规则，如果您问“如何在（awk | sh）中使用I”，答案是“不要，使用perl”。如果不清楚怎么做，awk或sh是错误的工具。谢谢！我只是在学习AWK，所以让我问几个问题好吗？1） 我想知道在最后一个引号之前1的函数是什么？2） 代码示例替换命令的位置在哪里？我想我需要一个

sub

命令that@Denis，在这种情况下不需要替换实际上，一个简单的连接就可以了，给我几分钟的时间在这里添加解释以便更好地理解。此外，为什么我在

-F

标志后需要逗号，而在

-v

标志后不需要逗号？@Denis，抱歉，您不需要使用

-F“，”

事实上，虽然您的输入文件是用逗号分隔的，但现在已将它们删除，请检查并让我知道？它可以工作，但我必须添加“BEGIN{OFS=“\t”}以保留karakfa建议的原始文件格式。谢谢！我只是在学习AWK，所以让我问几个问题好吗？1） 我想知道在最后一个引号之前1的函数是什么？2） 代码示例替换命令的位置在哪里？我想我需要一个

sub

命令that@Denis，在这种情况下不需要替换实际上，一个简单的连接就可以了，给我几分钟的时间在这里添加解释以便更好地理解。此外，为什么我在

-F

标志后需要逗号，而在

-v

标志后不需要逗号？@Denis，抱歉，您不需要使用

-F“，”

事实上，虽然您的输入文件是用逗号分隔的，但现在已将它们删除，请检查并让我知道？它可以工作，但我必须添加`BEGIN{OFS=“\t”}以保留karakfa建议的原始文件格式。

awk -v first="HanXRQChr0" -v second="HanXRQChr" '
$1>=1 && $1<=9{
  $1=first $1
}
$1>=10 && $1<=26{
  $1=second $1
}
1' Input_file

awk -v first="HanXRQChr0" -v second="HanXRQChr" '  ##Creating variable named first and second and you could keep their values as per your need.
$1>=1 && $1<=9{                                        ##Checking condition when first field is greater than or equal to 1 and less than or equal to 9 here then do following.
  $1=first $1                                          ##Re-creating the first field and adding variable first value before it here.
}                                                      ##closing this condition block here.
$1>=10 && $1<=26{                                      ##Checking condition here if 1st field is greater than or equal to 10 AND lesser than or equal to 26 then do following.
  $1=second $1                                         ##Re-creating first field value and adding variable second value before $1 here.
}                                                      ##Closing this condition block here.
1                                                      ##Mentioning 1 will be printing the line here.
' Input_file                                           ##Mentioning Input_file name here.