Awk 如何让grep-n-o打印同一行上发生的匹配的行号？

我正在搜索一个包含每行序列的文件。我想对包含“C”的每一行进行grep，并输出行号：C

以下是我迄今为止所尝试的：

grep -v ">" chr22.fa | grep -o -n  "[C|c]" | less 

输出：

等等

我想要的是：

210201:C
210201:C
210201:C
210201:C
210202:C
210202:C
210202:C
210202:C
210202:C
210202:C
210202:C
210203:C
210203:C
210203:C
210203:C
210203:C
210204:C
210204:C
210204:C
210204:C
210204:C
210204:C

等等

我在网上找到的文档表明，-n选项应该已经出现了这种情况，所以我认为有一些环境变量或grep设置需要更改，但我不知道它是什么。我正在Mac OS上使用zsh外壳。

如果您对awk没有问题，这应该是一项简单的任务。由于未提供样品，因此未对其进行测试，这是一个合理的警告

awk '/>/{next} /c|C/{line=FNR} {print line":C"}'  Input_file

您可以使用此awk替换两个grep命令：

awk -F '[Cc]' '!/>/ {for (i=1; i<NF; i++) print NR ":" FS}' chr22.fa

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通过分析OP中的代码，似乎正在处理一个fasta文件。我假设OP引用的行号实际上是序列号。此外，OP最有可能用于单行序列。假设真正的问题是：

给定一个文件，如何返回包含字母C或C的序列号

在这种情况下，答案是：

awk '/>/{c++;next} match($0,/[cC]/) { print c }' file

awk '/>/{c++;p=1;next} p && match($0,/[cC]/) { print c; p=0 }' file
awk '/>/{if(n)print c,n;c++;n=0;next}{n+=gsub(/[cC]/,"c",$0)}END{if(n) print c,n}' file

如果OP也对该角色出现的总次数感兴趣，他可以：

awk '/>/{c++;next}(n=gsub(/[cC]/,"c",$0)) { print c,n }' file

如果OP将处理序列跨越多行的fasta文件，则awk行将为：

awk '/>/{c++;next} match($0,/[cC]/) { print c }' file

awk '/>/{c++;p=1;next} p && match($0,/[cC]/) { print c; p=0 }' file
awk '/>/{if(n)print c,n;c++;n=0;next}{n+=gsub(/[cC]/,"c",$0)}END{if(n) print c,n}' file

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虽然这并不完全是OP所描述的，但这将打印序列号c以及字符c或c在序列中出现的总次数。这不会打印字母C，因为打印您正在搜索的内容有点奇怪。

GNU grep生成您正在寻找的输出。相比之下，BSD grep不会为同一行上的其他-o匹配输出行号

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尝试使用ggrep命令或安装GNU grep。

在Linux上使用bash，我可以在不做任何修改的情况下获得所需的输出。你能试试bash或其他grep吗？我理解正确了吗？你真的想要序列号和C在序列中出现的总时间？是的。我想知道每行C出现的频率。这确实是个问题。谢谢你的洞察力！