如何使用awk在while-read循环中搜索字符串

我想循环浏览file1，它有两列。每列都有一个字符串，我想用它在包含18列的数据帧文件（file2）中搜索。我想从file2中选择两列中都有file1字符串的行，以创建一个新文件

file1（标签分隔的文件，大约有150行，没有标题）

file2（标签分隔的文件，大约有150万行，有一个标题） 共有18列。列18具有来自文件1的区域信息，列15具有来自文件1的主题信息

chr start   end period  copyNum consensusSize   perMatch    perIndel    score   A   C   G   T   entropy motif   sequence    ID  region
chr1    15798   15822   3   8.3 3   77  0   29  0   40  20  40  1.52    TGC TGCTCCTGCTCCTTCTGCTGCTGCT   chr1_15798_15822_TGC    Exon
chr9    140196426   140196441   3   5.3 3   84  0   25  0   31  62  6   1.2 GGC GGCGGCGGCTGCGGCG    chr9_140196426_140196441_GGC    5' UTR
chr1    19282560    19282579    3   6.7 3   76  0   26  5   40  25  30  1.77    CTG CTGCTGCTGCTCCAGCTGCT    chr1_19282560_19282579_CTG  Exon
chr8    131028679   131028694   3   5.3 3   100 0   32  0   62  37  0   0.95    GCC GCCGCCGCCGCCGCCG    chr8_131028679_131028694_GCC    5' UTR

预期的输出将包括file2中的所有列，但仅包括两个字符串上与file1匹配的行。从这个示例中，file2的第3行和第4行应该在输出中

当我不通过循环手动执行时，它工作得很好。但一旦它进入循环，我就会得到一个空的输出文件。这就是我迄今为止所尝试的：

while read REGION MOTIF; do
       awk '$18 == "'${REGION}'" && $15 == "'${MOTIF}'"' file2 >> output.txt
done < file1.txt

I get the following errors:
awk: cmd. line:1: ($18 == "Exon" && $15 == "CAG
awk: cmd. line:1:                          ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: ($18 == "5'" && $15 == "UTR
awk: cmd. line:1:                        ^ unterminated string

---

您可以尝试使用此

awk

，它在查看

file1

时，存储

region

数组中第一列和

motif

数组中第二列的所有值。稍后，如果在

区域

数组中找到

$18

，并且在

motif

数组中找到

$15

，我们将打印

文件2

中的记录：

awk-F'\t''NR==FNR{region[$1]；motif[$2]；next}
地区售价18美元，motif'file1 file2售价15美元

输出：

chr1 15798 15822 3 8.3 3 77 0 29 0 40 20 40 1.52 CTG tgctcctgctccttgctgctgct chr1\u 15798\u 15822\u TGC外显子

文件1（使用

选项卡分隔文件必须将字段分隔符设置为tab@KamilCuk-尝试过，但没有改变任何内容我仍然得到一个空白输出文件…请提供

file2

中的示例输入，以便我可以根据需要进行测试和调整。我编辑了问题以添加file2的示例，感谢您在file2中的帮助您拥有

TGC

但是在

file1

中，您有

CTG

，因此存在一个不匹配的问题，问题是我必须将dos2unix转换为file1.Facepalm表情符号！不过感谢这段代码，它帮助解决了UTR区域名称中单引号的问题。也比我尝试的方式更快。

while read REGION MOTIF; do
       awk '$18 == "'${REGION}'" && $15 == "'${MOTIF}'"' file2 >> output.txt
done < file1.txt

I get the following errors:
awk: cmd. line:1: ($18 == "Exon" && $15 == "CAG
awk: cmd. line:1:                          ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: ($18 == "5'" && $15 == "UTR
awk: cmd. line:1:                        ^ unterminated string

while read REGION MOTIF; do
       awk -v a="$REGION" -v b="$MOTIF" '($18 == a && $15 == b)' file2.txt >> output.txt
done < file1.txt

awk '($18 == "Exon" && $15 == "CTG")' file2.txt > output.txt

or

awk -v a="Exon" -v b="CAG" '($18 == a && $15 == b)' file2.txt > output.txt