理解awk脚本

我有下面的awk脚本，我不知道它做什么或如何正确执行它

$ awk 'BEGIN{
    first_start=$2;
    old_start=first_start;
    }
    {
        chr=$1;
        current_start=$2;
        if (current_start > (old_start + 1)) {
            print chr"\t"first_start"\t"old_start;
            first_start=current_start;
            old_start=first_start;
        }
        else {
            old_start=current_start;
        }
    }
    END {
        print chr"\t"first_start"\t"old_start;
    }' pileup.txt

输入的格式应为：

NC_000001.10    11456   A   0   *   *
NC_000001.10    11467   A   1   ,   E
NC_000001.10    250133  t   2   ..  EA
NC_000001.10    250164  t   2   ..  EE
NC_000001.10    250169  t   2   ..  EE

我试着用

awk-f pilleup\u to_bed.awk

执行它，结果

awk: pileup_to_bed.awk:1: $ awk 'BEGIN{
awk: pileup_to_bed.awk:1:       ^ invalid char ''' in expression
awk: pileup_to_bed.awk:1: $ awk 'BEGIN{
awk: pileup_to_bed.awk:1:       ^ syntax error

---

当您将代码放在

.awk

文件中时，您不需要为代码引用

，

（据我所知，这个问题应该是这样的（

awk

文件名是

script.awk

）。我正在删除

BEGIN{first_start=$2；old_start=first_start}

，因为将其保留在

BEGIN

部分没有意义，因为其中没有任何行被读取，感谢Ed sir在这里指出它

    {
        chr=$1;
        current_start=$2;
        if (current_start > (old_start + 1)) {
            print chr"\t"first_start"\t"old_start;
            first_start=current_start;
            old_start=first_start;
        }
        else {
            old_start=current_start;
        }
    }
    END {
        print chr"\t"first_start"\t"old_start;
    }

当我在上面跑的时候，就像：

awk -f script.awk Input_file

我得到以下输出：

NC_000001.10
NC_000001.10    11456   11456
NC_000001.10    11467   11467
NC_000001.10    250133  250133
NC_000001.10    250164  250164
NC_000001.10    250169  250169

---

当您将代码放在

.awk

文件中时，您不需要为代码引用

，

（据我所知，这个问题应该是这样的（

awk

文件名是

script.awk

）。我正在删除

BEGIN{first_start=$2；old_start=first_start}

，因为将其保留在

BEGIN

部分没有意义，因为其中没有任何行被读取，感谢Ed sir在这里指出它

    {
        chr=$1;
        current_start=$2;
        if (current_start > (old_start + 1)) {
            print chr"\t"first_start"\t"old_start;
            first_start=current_start;
            old_start=first_start;
        }
        else {
            old_start=current_start;
        }
    }
    END {
        print chr"\t"first_start"\t"old_start;
    }

当我在上面跑的时候，就像：

awk -f script.awk Input_file

我得到以下输出：

NC_000001.10
NC_000001.10    11456   11456
NC_000001.10    11467   11467
NC_000001.10    250133  250133
NC_000001.10    250164  250164
NC_000001.10    250169  250169

---

当我使用

awk-f script.awk pileup执行时，我得到
awk:script.awk:1:cat script.awk awk:script.awk:1:^语法错误
@EliranTurgeman，无需将
cat script.awk
放在
文件中，我提到要显示内容，请删除该行，然后您可以尝试执行它，然后让我知道它是如何运行的？当我使用
awk-f script.awk pileup执行时，我得到
awk:script.awk:1:cat script.awk:script.awk:1:^语法错误
@EliranTurgeman，无需将
cat script.awk
放在
.awk
文件中，我提到要显示内容，删除那一行，然后你可以尝试执行它，让我知道它是如何运行的？现在还不清楚你的代码应该做什么。如果您的问题是提供给定示例输入的预期输出，那么我们可以帮助您。您的代码应该做什么还不清楚。如果您希望您的问题提供给定示例输入的预期输出，那么我们可以帮助您。