在bash中循环使用公共名称的成对文件

我有一个文件夹，其中有18对同名文件，除了一个有R1，另一个有R2，例如

SM000907\u S1\u R1.fastq

和

SM000907\u S1\u R2.fastq

。 我想在所有这些对的循环中抛出一个命令

我尝试了以下循环，但它不起作用（它抛出错误“错误替换”）：

您可以使用

$（seq 1 18）

或

{1..18}

，但不能同时使用两者

此外，由于无意中使用了不同的变量名，因此命令行无法工作。用大括号把他们围起来

最后，作为一种良好做法，请引用包含变量的所有字符串：

for sample in {1..18}; do
    merge-paired-reads.sh "SM000907_S${sample}_R1.fastq" "SM000907_S${sample}_R2.fastq" > output
done

for sample in {1..18}; do
    merge-paired-reads.sh "SM000907_S${sample}_R1.fastq" "SM000907_S${sample}_R2.fastq" > output
done