Bash找不到文件

我正在Azure上的串行控制台上以VM的形式运行Debian9

链接到示例输入文件：

antiSMASH的帮助人员给了我一些代码。它应该遍历文件夹中的genbank文件，并使用antiSMASH包处理它们：

for infile in inputs/*.gbk; do
    antismash $infile --taxon fungi --input-type nucl --knownclusterblast
done

我在包含文件的目录下尝试运行它，在包含文件夹“inputs”（包含.gb文件）的目录下尝试运行它：

(antismash) macpat@Debian9:~/inputs$ for infile in inputs/*.gb; do
> antismash $infile --taxon fungi --input-type nucl --knownclusterblast
> done
ERROR   25/05 21:53:00   No sequence file found at 'inputs/*.gb'

我运行了以下命令：

(antismash) macpat@Debian9:~$ for infile in ~/inputs/*.gb; do echo $infile; done
/home/macpat/inputs/DQ660910.gb
/home/macpat/inputs/EU872212.gb
/home/macpat/inputs/GU930713.gb
/home/macpat/inputs/GU930714.gb
/home/macpat/inputs/HM180407.gb
/home/macpat/inputs/HM180409.gb
/home/macpat/inputs/HQ823618.gb
/home/macpat/inputs/HQ823619.gb
/home/macpat/inputs/HQ823620.gb
/home/macpat/inputs/HQ823621.gb
/home/macpat/inputs/JN408682.gb
/home/macpat/inputs/JQ340775.gb
/home/macpat/inputs/JX067626.gb
/home/macpat/inputs/JX067627.gb
/home/macpat/inputs/JX232185.gb
/home/macpat/inputs/JX232186.gb
/home/macpat/inputs/JX232187.gb
/home/macpat/inputs/JX232188.gb
/home/macpat/inputs/KJ501919.gb
/home/macpat/inputs/MG777489.gb
/home/macpat/inputs/MG777490.gb
/home/macpat/inputs/MG777491.gb
/home/macpat/inputs/MG777492.gb
/home/macpat/inputs/MG777493.gb
/home/macpat/inputs/MG777494.gb
/home/macpat/inputs/MG777495.gb
/home/macpat/inputs/MG777496.gb
/home/macpat/inputs/MG777497.gb
/home/macpat/inputs/MG777498.gb
/home/macpat/inputs/MG777499.gb
/home/macpat/inputs/MG777500.gb
/home/macpat/inputs/MG777501.gb
/home/macpat/inputs/MG777502.gb

这是antiSMASH人发送给我的电子邮件：

亲爱的反mash用户：

为了在许多输入文件上运行antiSMASH，我通常在 bash，就像这样：

for infile in inputs/*.gbk; do
    antismash $infile --your --other-options --here done

假设您的输入文件为GenBank格式，并且位于 当前目录名为“input”的子目录，antiSMASH将 按顺序运行所有输入文件。我知道你要的是“全部” 一次”，但反mash拥有相当不错的CPU和内存 要求，特别是在运行ClusterBlast时，我不会 建议

向你问好，凯

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在失败的情况下，您编写了

输入/*.gb

。在使用echo的工作目录中，您编写的

~/inputs/*.gb

inputs/

是一个相对路径，这意味着您必须位于其父目录

/home/macpat

中，它才能工作。要移动到

/home/macpat

，您可以运行

cd

cd
for infile in inputs/*.gb; do ...

另一方面，

~/inputs/

是一条绝对路径，这意味着它可以在任何地方工作

for infile in ~/inputs/*.gb; do ...

或者，如果要从

~/inputs/

中运行脚本，可以运行以下命令：

cd ~/inputs
for infile in *.gb; do ...

---

看起来您已经在目录

inputs

，因此您必须使用相对路径

/*.gbk

，而不是

inputs/*.gbk

。另外，您应该引用

“$infle”

，这样文件名中的空格和全局字符就没有任何效果。您似乎还混淆了

.gb

和

.gbk

，请确保使用正确的。您可以使用

ls inputs/*.gb

重现问题，所以antiSMASH和您的os/平台是不相关的。我也从上面的一个目录中尝试过。我尝试了.gbk，然后尝试了.gb。我还没有尝试过“$infle”上的引号，我会试一试。wjandrea，你是说用ls代替infle是同义词吗？