grep（bash）多行模式

在bash（4.3.46（1））中，我有一些称为fasta的多行记录，其中每个记录都是由带有>name的行和以下行DNA序列（[AGCTNacgtn]）启动的，这里有三条记录：

>chr1
AGCTACTTTT
AGGGNGGTNN
>chr2
TTGNACACCC
TGGGGGAGTA
>chr3
TGACGTGGGT
TCGGGTTTTT

如何使用bash grep获取第二条记录？在其他语言中，可以使用：

>chr2\n([AGCTNagctn]*\n)*

在Bash中，我试图使用来自（以及其他SOs）的想法。这不起作用：

grep -zo '>chr2[AGCTNacgtn]+' file 

结果应该是：

>chr2
TTGNACACCC
TGGGGGAGTA

解决方案

在我的系统上，这就是解决方案（下面几乎是Cyrus's，即没有第二个

grep.

）的管道：

---

您可以将

awk

与自定义

RS

一起使用：

awk -v n=2 -v RS='(^|\n)>' 'NR==n+1{print ">" $0}' file    
>chr2
TTGNACACCC
TGGGGGAGTA

使用GNU grep：

grep -Pzo '>chr2\n[AGCTNacgtn\n]+' file | grep .

输出：

>chr2 TTGNACACCC TGGGGGAGTA >chr2 TTGNACACCC TGGGAGTA 您应该安装perl包。它包含许多可从shell直接使用的实用程序，用于处理

fasta

文件，如或（和）

安装后，它的简单操作如下：

fashead -n2 fastafile | fastail -n1

输出

>chr2
TTGNA.....

甚至更简单

fasgrep chr2 fastafile

使用相同的输出…

尝试以下操作-

grep 'chr2' -A 2 file
>chr2
TTGNACACCC
TGGGGGAGTA

---

处理多行记录的最佳工具是

awk

就你而言：

awk 'BEGIN{RS=">"} NR==2 {print RS$0}' input.txt

输入文件 说明：

开始{RS=“>”}

最初将记录分隔符设置为

“>”

NR==2

仅对记录进行筛选#2

---

{print RS$0}

print record#2，返回缺少的记录分隔符

创建了sedgrep混合版本，以通用方式支持。。。 您可以使用此sedgrepshell命令，该命令位于

直接链接：

对于您的情况，直接命令是

cat <FILE_NAME> | sed -nr ':main; /^>.*chr2/ { :loop; p; n; /^>/ b main; b loop} '

---

哦，我想-z使

\n

没有必要？只有

grep-Pzo'>chr2\n[AGCTNacgtn\n]+'文件

工作-最后的

grep。

我的系统说“二进制文件（标准输入）匹配”不管这意味着什么。我得到了>chr2（\n[^>-\n]+'）+'>没有新的结尾line@user3375672：好的。我把答案退回到以前的版本。@silel:这可能取决于grep的版本。我使用了2.6.3版。

>chr1
AGCTACTTTT
AGGGNGGTNN
>chr2
TTGNACACCC
TGGGGGAGTA
>chr3
TGACGTGGGT
TCGGGTTTTT

cat <FILE_NAME> | sed -nr ':main; /^>.*chr2/ { :loop; p; n; /^>/ b main; b loop} '

Default NEW_LINE_PATTERN is ^\[
Usage : 
    cat {INPUT_FILE_NAME}  | sedgrep  {NEW_LINE_PATTERN} {THREAD_OR_SEARCH_PATTERN} 
    cat {INPUT_FILE_NAME}  | sedgrep  {THREAD_OR_SEARCH_PATTERN} 
    sedgrep {NEW_LINE_PATTERN} {THREAD_OR_SEARCH_PATTERN} {INPUT_FILE_NAME}
    sedgrep {THREAD_OR_SEARCH_PATTERN} {INPUT_FILE_NAME}
Example : 
    cat sampleInput.log | sedgrep 2016-05-23 DB_CONN
    cat sampleInput.log | sedgrep DB_CONN
    sedgrep 2016-05-23 DB_CONN sampleInput.log
    sedgrep DB_CONN sampleInput.log