Bash 存储文件中的文本和数字变量以在perl脚本中使用

我正在准备一个bash脚本，用于gnupallel。脚本应该采用文件名，将文件名的前缀存储为描述符，并将行数（wc-l）存储为数字变量。如果这些变量成为perl脚本中要使用的变量，则两者都可以。描述器工作正常

但是我对行数的存储，或者我对${mm}的使用并没有生成perl脚本能够识别的数值变量。如有任何更正，我们将不胜感激

#!/bin/bash

# Get the filename and strip suffix
sample=$1
describer=$(echo ${sample} | sed 's/.sync//')
echo ${describer} # works fine

# Get the number of rows
mm=$(cat ${sample} | wc -l)
echo ${mm} # works fine but is this a numeric variable?

# run the script using the variables; 
# the ${mm} is where the perl script says its not numeric
perl script.pl --input ${describer}.sync --output ${describer}.genepop --region ${describer}:1-${mm}

---

这不是答案。我只是想用一种更好的方式重写你的剧本。你知道，你不需要总是引用带有花括号的变量！例如，

$mm

就足够了，在您的案例中不需要

${mm}

。此外，用于删除注释的

sed

语句可以替换为等效语句。我在这里和那里添加了双引号，这样您也可以使用所有包含空格和其他有趣符号的文件名。我还删除了

cat

的无用用法

#!/bin/bash

# Get the filename and strip suffix
sample=$1
describer=${sample%.sync}
echo "$describer" # works fine

# Get the number of rows
mm=$(wc -l < "$sample")
echo "$mm" # works fine but is this a numeric variable?

# run the script using the variables; 
# the $mm is where the perl script says its not numeric
perl script.pl --input "$sample" --output "$describer.genepop" --region "$describer:1-$mm"

（注意42前面的空格）。您应该能够通过运行我提供给您的脚本版本（使用正确的引用），注意到您的

wc

版本是否有这种行为。如果您看到数字前面有空格，这可能是您出现问题的原因

如果是这种情况，则应更换管路

mm=$(wc -l < "$sample")

mm=$（wc-l<“$sample”）

与

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read mm<我觉得不错。问题可能出在perl脚本中。您是否正确地从参数中提取$mm？您是否尝试过打印perl脚本中的参数？谢谢@gniourf_gniourf，非常感谢您关于{}和cat的详细信息，以及引导空间的绝妙可能性，这确实是个问题。我可能应该将OSX声明为我的操作系统，这样可能会更容易。现在一切都好了。我学到了很多！哦，还要知道bash可以做sed喜欢的事情。杰出的
mm=$(wc -l < "$sample")

read mm < <(wc -l < "$sample")