Bash 在两组文件上循环

我有一组扩展名如下的文件

  A.fa
  A_cod.fa
  B.fa
  B_cod.fa
  C.fa
  C_cod.fa
  D.fa
  D_cod.fa

对于每个文件，我都必须按照

 prank -convert -d=A.fa -dna=A_cod.fa -o=A.alignment -keep

我想在文件集上循环并执行上述操作，而不是每个文件，然后尝试：

  for f in *.fa and for f1 in *_cod.fa; do prank -convert -d=$f -dna=$f1 -o=$f.alignment -keep; done ;

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但这是行不通的。因此，对于每个文件，A-d应该读入.fa文件，-dna应该读入相应的_cod.fa文件，类似地，B也应该读入，依此类推。

因为每个.fa文件都有一个_cod.fa文件，我们可以通过一个Bash循环来完成这项工作：

#!/bin/bash
for f in *.fa; do
  [[ "${f/*_/}" = "cod.fa" ]] && continue # skip *_cod.fa files
  cod_file="${f//.fa}_cod.fa"
  [[ ! -f "$cod_file" ]] && continue      # _cod.fa doesn't exist
  prank -convert -d="$f" -dna="$cod_file" -o="$f.alignment" -keep
done

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假设您的文件是按字母顺序排列的，并且没有使用空格字符命名，您可以使用

列和while循环，如下所示：

ls | columns -c2 | while read cod_fa fa; do 
    prank -convert -d=$fa -dna=$cod_fa -o=A.alignment -keep
done

您最好先在
恶作剧
前面用回音测试循环。
请标记您使用的语言。谢谢Thor，但这只是一个示例，文件根本不是字母顺序，所以我不确定它是否适用于我的情况。@Paul:好的，那么您需要更准确地了解要求。也许可以阅读关于示例的内容。@Paul：前面提到的字母顺序假设只要求
.fa
和
\u cod.fa
文件的名称相同。