Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/5/google-sheets/3.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
Bash 等待qsub作业集完成,然后执行下一个命令_Bash_Pbs - Fatal编程技术网

Bash 等待qsub作业集完成,然后执行下一个命令

Bash 等待qsub作业集完成,然后执行下一个命令,bash,pbs,Bash,Pbs,由于我使用的集群资源有限,我在bash中使用for循环提交了一系列作业。我想等待pbs中的所有作业在下一个命令之前完成。这里的链接似乎解决了我的问题 但如果我没有下一个要运行的作业脚本,只有一些简单的bash命令,那么我仍然不知道在-cwd之后应该放什么 下面是用于提交pbs任务的循环 for i in `seq 1 10`; do if [ "$i"==10 ]; then EndLine=$((SeqNum*2)) fi EndLine=$((StartLine-1+(EachFil

由于我使用的集群资源有限,我在bash中使用for循环提交了一系列作业。我想等待pbs中的所有作业在下一个命令之前完成。这里的链接似乎解决了我的问题 但如果我没有下一个要运行的作业脚本,只有一些简单的bash命令,那么我仍然不知道在-cwd之后应该放什么

下面是用于提交pbs任务的循环

for i in `seq 1 10`; do
if [ "$i"==10 ]; then
    EndLine=$((SeqNum*2))
fi
EndLine=$((StartLine-1+(EachFile+1)*2));
NewFile='StHeBC2-'$i'.fasta'
sed -n "$StartLine,$EndLine p" StHeBC2.fasta > $NewFile
StartLine=$((EndLine+1))
JobFile='StHeBC2-'$i'.sh'

    echo "
    #!/bin/bash
    #PBS -l ncpus=8
    #PBS -l mem=8GB
    #PBS -l nodes=4
    #PBS -l walltime=120:00:00
    #PBS -m bea
    #PBS -W umask=33

    cd $PBS_O_WORKDIR
    TransDecoder -t $NewFile -m 15 --search_pfam Pfam-A.hmm --API --CPU 8
    " > $JobFile

    qsub $JobFile
done
在pbs中完成所有作业文件后,我想使用一些基本命令cat/cut等总结TransDecoder的输出,如

cat test-*.fasta.transdecoder.pep > test.fasta.transdecoder.pep

有人能帮忙吗?谢谢

您使用的是哪个版本的pbs?qsub版本返回什么?在TORQUE中,您可以使用作业依赖项来完成此任务。我假设PBSPro提供了类似的特性。