Bash 使用序列号更改fasta文件的标题_Bash_Awk_Sed_Gsub_Fasta

Bash 使用序列号更改fasta文件的标题

bash awk sed

Bash 使用序列号更改fasta文件的标题,bash,awk,sed,gsub,fasta,Bash,Awk,Sed,Gsub,Fasta,如何使用awk/sed/grep更改文件中更多fasta序列的头，如： >chromosome1|2199-2200 ---------------------- >chromosome1|3546-3548 ---------------------- >chromosome1|6489-6548 ---------------------- 为此： >chromosome1-1|2199-2200 ------------------------ >ch

如何使用awk/sed/grep更改文件中更多fasta序列的头，如：

>chromosome1|2199-2200
----------------------

>chromosome1|3546-3548
----------------------

>chromosome1|6489-6548
----------------------

为此：

>chromosome1-1|2199-2200
------------------------

>chromosome1-2|3546-3548
------------------------

>chromosome1-3|6489-6548
------------------------

目前，我只需在名称的开头或结尾添加一个序列号，如：

awk'/^>/{gsub（/^>/，“>Seq“i++”）；}1'

>Seq1chromosome1|2199-2200

$ awk '/>/{sub(/\|/,"-"++i"|")}1' file
>chromosome1-1|2199-2200
----------------------

>chromosome1-2|3546-3548
----------------------

>chromosome1-3|6489-6548
----------------------