bash中文件名的基本字符串操作

我在bash中有一些文件名，是我用它获得的

$ ones=$(find SRR*pass*1*.fq)
$ echo $ones

SRR6301033_pass_1_trimmed.fq
SRR6301034_pass_1_trimmed.fq
SRR6301037_pass_1_trimmed.fq
...

然后我将其转换为一个数组，这样我就可以遍历此列表并使用文件名执行一些操作：

# convert to array
$ ones=(${ones// / })

以及迭代：

for i in $ones; 
do
  fle=$(basename $i) 
  out=$(echo $fle | grep -Po '(SRR\d*)')
  echo "quants/$out.quant"
done

产生：

quants/SRR6301033
SRR6301034
...
...
SRR6301220
SRR6301221.quant

然而，我想要这个：

quants/SRR6301033.quant
quants/SRR6301034.quant
...
...
quants/SRR6301220.quant
quants/SRR6301221.quant

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有人能解释一下为什么我正在做的事情不起作用，以及如何纠正它吗？

你为什么要这么复杂？您可以去掉所有不必要的环形交叉口，只需使用for循环和内置的参数扩展技术即可完成此操作

# Initialize an empty indexed array
array=()

# Start a loop over files ending with '.fq' and if there are no such files
# the *.fq would be un-expanded and checking it against '-f' would fail and
# in-turn would cause the loop to break out 

for file in *.fq; do
    [ -f "$file" ] || continue
    # Get the part of filename after the last '/' ( same as basename )
    bName="${file##*/}"
    # Remove the part after '.' (removing extension)
    woExt="${bName%%.*}"
    # In the resulting string, remove the part after first '_'
    onlyFir="${woExt%%_*}"
    # Append the result to the array, prefixing/suffixing strings 'quant'
    array+=( quants/"$onlyFir".quant )
done

现在打印数组以查看结果

for entry in "${array[@]}"; do
    printf '%s\n' "$entry"
done

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你的尝试可能会失败

使用

ones=$（find SRR*pass*1*.fq）

将结果存储在变量中，而不是数组中。变量无法区分内容是列表还是由空格分隔的单个字符串

使用

echo$ones

即无引号扩展，字符串内容将进行分词。只要有带空格的文件名，您可能看不出有什么不同，使用空格可能会让您将文件名的某些部分解释为不同的文件

将字符串转换为数组时，

${ones//}

部分没有意义，因为尝试使用无引号的变量

$ones

本身是错误的

用于i，单位为$one很容易出错，带空格的文件名可以解释为单独的文件，而不是一个

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我想我只是对bash缺乏经验-我的目标是将列表与其他两个类似的元素一起传递给程序（其中一个是

$one

）。这很有帮助！谢谢