Bioinformatics 我怎么跑?';入门';说明不包括';I don’我没有按预期工作

Bioinformatics 我怎么跑?';入门';说明不包括';I don’我没有按预期工作,bioinformatics,Bioinformatics,我试图通过在我的输出上运行MetaVelvet来改进宏基因组组装。不会生成MetaVelvet扩展名所需的Graph2文件 如何生成Graph2文件以便运行MetaVelvet?velvetg命令中的“入门”指令缺少一个标志。如果需要生成Graph2文件,则需要该标志 以下是这些说明的更正版本: ~$velvetg out dir-读取\u trkg yes-exp\u cov自动-插入长度260 提示: 如果您使用多个k-mers运行velveth,因此有多个输出文件夹,则可以使用find命令

我试图通过在我的输出上运行MetaVelvet来改进宏基因组组装。不会生成MetaVelvet扩展名所需的Graph2文件


如何生成Graph2文件以便运行MetaVelvet?

velvetg命令中的“入门”指令缺少一个标志。如果需要生成Graph2文件,则需要该标志

以下是这些说明的更正版本:

~$velvetg out dir-读取\u trkg yes-exp\u cov自动-插入长度260

提示: 如果您使用多个k-mers运行velveth,因此有多个输出文件夹,则可以使用find命令组装每个文件夹,而无需每次运行该命令

设想多个k-mer velveth输出文件夹以“池读取”开头:

找到-名称'pooled_reads'-exec velvetg{}-read_trkg yes-exp_cov auto-ins_length 200\


您也可以使用xargs或while循环来执行此操作,但我喜欢find命令。

我建议编辑您的问题,详细说明您采取了哪些步骤以及看到了哪些错误消息(如果有),以帮助人们了解如何帮助您。StackOverflow更擅长处理特定问题;关于一般教程的问题可能会被视为离题。