Cluster computing 在群集中使用用户的工作目录

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我不知道这是否特定于我使用的集群,但文件系统由每个用户的两个目录组成:/home/user(10GB)和/work/user(100GB)。第一个用于每月备份的重要数据,第二个用于临时或海量数据。我正在处理基因组,我需要超过10GB的空间,所以我将我的基因组复制到/work/user目录,希望能够使用它,并尝试从那里提交作业,但它不起作用。作业正在squeue中运行,但输出文件为空,并且未处理我的文件。我不知道是否存在无法将输出重定向到/work/user目录的限制,或者我需要修改slurm文件中的某些内容。我感谢您的建议。以下是我正在使用的slurm文件:

#!/bin/sh
#SBATCH --job-name=anvio
#SBATCH --output=anvio_cogs.txt
#SBATCH --partition=nu
#SBATCH --ntasks=10
#SBATCH --time=24:00:00

module load intelpython/3.6
module load miniconda/anvio-6.2 diamond/git mcl/14.137 muscle/3.8.31 blast+/2.11.0 

for file in /work/adumas/anvio/*.db; do tag=$(basename "${file%.db}"); anvi-run-ncbi-cogs -c "$file" -T 10; done