在C++； 我对C++是新的，需要一些帮助，我有一些代码（这主要是从我发现的其他代码中获取）。我试图读入一个FASTA序列文件，然后在该文件中搜索特定的图案，然后将结果输出到另一个文件中。我可以打开文件，搜索文件，并输出主题所在的行。我还得到了序列号和字符位置

但我想要的是整个序列，而不仅仅是线条。我认为必须有一种方法来运行一个循环，以打印出>之间的所有内容，这标志着每个序列的开始。我只是没能做到这一点，如果能得到任何帮助，我将不胜感激

下面是我将要搜索的文件的一个示例：

因此，如果我搜索“PAIVGGDFHLSETIAIIRYLA”，我会想要从第一个>（我也想包括这个）到下一个>（不想包括这个）。当我发布这篇文章时，>不会出现，但它们会出现在FB之前

>FBpp0087549
MSKPIRFYYDLLSPIARGLWIGLKFSNSPVEYCPIALRKFEQLTDEYKKI
NRFQKV**PAIVGGDFHLSETIAIIRYLA**DKGQFDEKLYPKTLENRARVDEF
LEWQHLNIRLACSMYFRDAWLFPMNGIAPKPKPEQIQALIEGVENNLGLL
ERLWLENDFLVGKNLTMADILGSSEINQLRLCQYRVDEKKFPKVVKWLER
VRVSANPYHDEGLTFIDRKSKQSTAAKL

>FBpp0086857
MSQPKPILYYDERSPPVRSCLMLIKLLDIDVELRFVNLFKGEQFQKDFLA
LNPQHSVPTLVHGDLVLTDSHAILIHLAEKFDEGGSLWPQEHAERMKVLN
LLLFECSFLFRRDSDFMSATVRQGFANVDVAHHERKLTEAYIIMERYLEN
SDFMAGPQLTLADLSIVTTLSTVNLMFPLSQFPRLRRWFTAMQQLDAYEA
NCSGLEKLRQTMESVGSFQFPSSSAVVTEKVE

以下是我正在使用的代码：

#include <fstream>
#include <string>
#include <iostream>
#include <ctime>
#include <stdlib.h>

using namespace std;

int main()
{
    int counter = 0;

    string filename = "dna.txt";
    ifstream gst(filename.c_str());

    ofstream outfile;
    outfile.open("dnatwo.txt");

    outfile.setf(ios::fixed);
    outfile.setf(ios::showpoint);
    //outfile.precision(100);


    if (gst)
    {
        string search;
        string line;
        string number;
        gst >> number;

        search.resize(25);

        cout << "Enter the search criteria: ";
        cin >> search;

        while (getline(gst, line))
        {
            if (number == search);
            counter = counter += 1;

            if (line.find(search) != std::string::npos)
            {
                //outfile << line << endl;
            }
            std::size_t found = line.find(search);
            if (found != std::string::npos)
                outfile << "found at line: " << counter << " " << "Position: " << found << " " << line
                << "\r\n" << endl;

        }
    }
    else

    {
        cerr << "Cannot open file " << filename << endl;
        return -1;
    }

    return 0;
}

#包括
#包括
#包括
#包括
#包括
使用名称空间std；
int main（）
{
int计数器=0；
字符串filename=“dna.txt”；
ifstream gst（filename.c_str（））；
出流孔的直径；
outfile.open（“dnatwo.txt”）；
outfile.setf（ios:：fixed）；
setf（ios:：showpoint）；
//输出文件精度（100）；
if（商品及服务税）
{
字符串搜索；
弦线；
字符串编号；
gst>>数量；
搜索。调整大小（25）；
cout>搜索；
while（getline（商品及服务税，第行））
{
如果（数字==搜索）；
计数器=计数器+=1；
if（line.find（search）！=std:：string:：npos）
{
//outfile如果'new'是您的ifstream变量的名称，您不应该使用该名称，因为它是一个保留字…实际上不是我使用的名称，但我只是将其更改为'gst'。谢谢。您知道如何打印整个序列吗？除非您真的需要自己执行此操作，否则使用
awk
，例如：
gawk会更容易“BEGIN{RS=\”\“FS=\”\n\”}/PAIVGGDFHLSETIAIIRYLA/"fasta.txt
@JerryCoffin，谢谢你的帮助。我第一次看到“awk”。当我在一个更大的文件上运行它时，我注意到一个问题，它只报告第一次出现的情况。有没有办法让它报告所有这些情况？还有，有没有可能在我的代码中添加类似的内容，这样我也可以让它显示行位置？谢谢