R动态荷载“的；“未找到符号”；错误，即使是C++；代码构建良好 我有一个简单的C++程序，可以在Mac（小牛）上使用 CLAN++/COD>成功构建，但在使用 RCMD SLIB < /C>时失败，并在中加载 Dyn。 这是C++代码（存储在Simult.CPP）中，使用GuROMI优化器： #include "gurobi_c++.h" #include <iostream> void fxn() { GRBEnv env = GRBEnv(); // Create a Gurobi environment GRBModel colgen = GRBModel(env); // Create empty model object colgen.addVar(0, 1, 0.0, GRB_BINARY); // Add binary variable to model std::cout << "Hello world" << std::endl; } int main(int argc, char **argv) { fxn(); return 0; }

我能够使用

R CMD SHLIB

成功编译：

$ MAKEFLAGS="PKG_CXXFLAGS=-I/Library/gurobi562/mac64/include" R CMD SHLIB \
  simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG \
  -I/usr/local/include   -I/Library/gurobi562/mac64/include -fPIC  -mtune=core2 \
  -g -O2  -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup \
  -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib \
  -o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. \
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

但是，

dyn.load（“simple.so”）

在R:

Error in dyn.load("simple.so") : 
  unable to load shared object '[path]/simple.so':
  dlopen([path]/simple.so, 6): Symbol not found: __ZN8GRBModel6addVarEdddcNSt3__112basic_stringIcNS0_11char_traitsIcEENS0_9allocatorIcEEEE
  Referenced from: [path]/simple.so
  Expected in: flat namespace
 in [path]/simple.so

从

c++filt

，我可以看到缺少的符号是

GRBModel:：addVar（double，double，double，char，std:：\uu 1:：basic\u string）

，它应该由我链接的一个Gurobi库提供

从以前的文章中，我发现这些“Symbol not found”错误通常是由于没有链接正确的库而发生的，但是我已经成功地编译并运行了

simple.cpp

，并且将相同的链接选项传递给

R CMD SHLIB

以下是我的

~/.R/Makevars

文件的内容：

CC=clang
CXX=clang++

---

Edit我认为问题可能与编译代码时使用的选项

-stdlib=libstdc++

有关。当我从第一个构建中删除此选项时（工作调用

clang++

），我得到的第一个链接器错误是：

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "GRBModel::addVar(double, double, double, char, std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> >)", referenced from:
      _fxn in simple-pRHAEs.o

架构x86_64的未定义符号： “GRBModel:：addVar（双精度、双精度、双精度、字符、标准：：\uuuu 1:：基本字符串）”，引用自： _简单pRHAEs.o中的fxn

---

这是导致代码< > Dyn。Load 失败的相同的未定义的符号。

R正在期待C链接，但您已经提供C++链接。一个解决办法是

#include <iostream>

extern "C" void fxn() {
    std::cout << "Hello world" << std::endl;
}

---

我解决了这个问题，这与我如何将参数

-stdlib=libstdc++

提供给

R CMD SHLIB

有关

R CMD SHLIB

调用

clang++

两次，首先作为编译阶段构建一个对象文件（在我的例子中是

simple.o

），然后将该文件链接到一个共享对象（在我的例子中是

simple.so

）

R CMD SHLIB

仅将

-stdlib=libstdc++

参数传递给第二次调用，但我们需要它也为

clang++

的第一次调用提供参数。我们可以通过将

-stdlib=libstdc++

添加到

PKG\u cxflags

来实现这一点：

$ PKG_CXXFLAGS="-I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++" R CMD SHLIB \
  simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  \
  -I/usr/local/include   -I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++ \
  -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup \
  -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib \
  -o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. \
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

---

现在，

dyn.load（“simple.so”）

在R中没有错误地工作（尽管正如@MartinMorgan和@JanvanderLaan所提到的，我需要使用

extern“C”

或从R调用函数的替代方法来公开我的函数）。

我怀疑R在加载

simple时找不到库。所以
。gurobi库的位置是否包含在
ld_library_path
（或Mac上的任何名称）中？库中有main也是很奇怪的，这可能会导致问题，您可能希望将
fxn
放在
外部“C”{
能够从R
echo$LD_LIBRARY_PATH调用它
产生正确的位置
：/LIBRARY/gurobi562/mac64/lib
，我还将它存储在
R_ldu LIBRARY_PATH
——不确定这是否重要。注释掉主函数并添加
extern“C”
对
dyn.load
问题没有帮助，尽管我会确保同时执行这两个操作，以便最终调用我的函数。
-stdlib=libstdc++
是Gurobi Optimizer 5所必需的。6@GregGlockner谢谢标准库最终成为了问题的核心——我已经将
-stdlib=libstdc++
传递给了链接器，但我还需要将
-stdlib=libstdc++
添加到
PKG\u cxflags
中，以便在编译阶段使用它。这不会在加载OP报告的库时导致错误。它只会由于名称被损坏，几乎无法调用
fxn
。谢谢，但不幸的是，添加
extern“C”
并不能解决
dyn.load
问题。
$ R --vanilla CMD SHLIB tmp.cpp && R --vanilla -e "dyn.load('tmp.so'); .C('fxn')"
clang++ -I/home/mtmorgan/bin/R-devel/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -ggdb -O0 -c tmp.cpp -o tmp.o
clang++ -shared -L/usr/local/lib -o tmp.so tmp.o -L/home/mtmorgan/bin/R-devel/lib -lR
> dyn.load('tmp.so'); .C('fxn')
Hello world
list()

$ PKG_CXXFLAGS="-I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++" R CMD SHLIB \
  simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  \
  -I/usr/local/include   -I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++ \
  -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup \
  -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib \
  -o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. \
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation