c++；seg故障问题 我正在使用一个C++程序，使用一些外部C库。据我所知，这不是问题的原因，问题是我的C++代码。该程序运行良好，在我的测试数据集上没有任何错误或任何东西，但在检查了几乎整个数据集之后，我得到了一个segfault。运行GDB会给我这个错误： (gdb) run -speciesMain=allMis1 -speciesOther=anoCar2 -speciesMain=allMis1 -speciesOther=anoCar2 /hive/data/genomes/allMis1/bed/lastz.anoCar2/mafRBestNet/*.maf.gz Starting program: /cluster/home/jstjohn/bin/mafPairwiseSyntenyDecay -speciesMain=allMis1 -speciesOther=anoCar2 -speciesMain=allMis1 -speciesOther=anoCar2 /hive/data/genome s/allMis1/bed/lastz.anoCar2/mafRBestNet/*.maf.gz Detaching after fork from child process 3718. Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault. 0x0000003009cb7672 in __gnu_cxx::__exchange_and_add(int volatile*, int) () from /usr/lib64/libstdc++.so.6 (gdb) up #1 0x0000003009c9db59 in std::basic_string, std::allocator >::~basic_string() () from /usr/lib64/libstdc++.so.6 (gdb) up #2 0x00000000004051e7 in PairAlnInfo::~PairAlnInfo (this=0x7fffffffcd70, __in_chrg=) at mafPairwiseSyntenyDecay.cpp:37 (gdb) up #3 0x0000000000404eb0 in main (argc=2, argv=0x7fffffffcf78) at mafPairwiseSyntenyDecay.cpp:260

万一你没注意到我发帖的时间，现在大约是凌晨2:30。。。我已经花了大约10个小时研究这个问题了。非常感谢您抽出时间来看看这个并帮助我！下面是复制我的情况的代码和一些说明

如果您对下载和安装带有依赖项的整个内容感兴趣，请下载我的KentLib存储库，

make

位于基本目录中，然后转到

examples/mafPairwiseSyntenyDecay

并在那里运行

make

。导致我正在讨论的bug的一个示例（相当大）是这里提供的gzip文件：。然后使用这些参数执行程序

/**
*马夫成对综合征
*作者：约翰圣约翰
*日期：2012年4月26日
*  
*计算不同范围容器中的平均共线衰减
*
*
*/
//肯特源C进口
外部“C”{
#包括“common.h”
#包括“options.h”
#包括“maf.h”
}
#包括
#包括
#包括
#包括
#包括
#包括
//#定义NDEBUG
#包括
使用名称空间std；
/*
全局变量
*/
PairAlnInfo类{
公众：
弦对我；
int-sstart；
int-send；
int ostart；
国际货币基金组织；
炭链；
PairAlnInfo（字符串名称），
int\u启动，int\u发送，
内部启动，内部结束，
字符（U串）：
oname（_oname），
sstart（_sstart），
发送(u send),，
奥斯塔特，
oend（_oend），
链（_链）{}
pairalinfo（）：
oname（“哑巴”），
sstart（-1），
发送（-1），
ostart（-1），
结束（-1），
链（-1）{}
};
向量和拆分（常量字符串和字符串、字符、向量和元素）{
溪流ss(s);；
字符串项；
while（getline（ss、item、delim））{
元素推回（项目）；
}
返回（elems）；
}
向量拆分（常量字符串和s、字符delim）{
向量元素；
返回（拆分、删除、删除）；
}
#定义定义最小长度（200）
#定义DEF_MIN_分数（200）
typedef地图pairalinfobypos；
typedef-map-ChromToPairAlnInfoByPos；
ChromToPairAlnInfoByPos pairninfobyposbychrom；
无效用法（）
/*解释用法和退出*/
{
勘误表(
（char*）“MafPairwiseSyntenycay--根据至少包含两种指定物种的maf排列计算成对共线衰变。\n”
“用法：\n”
“\tmafPairwiseSyntenyDecay[选项][*必需选项]文件1.maf[.gz]…\n”
“选项：\n”
“\t-help\t打印此消息。\n”
“T-MimSale= Num \最小MaF对齐得分考虑（默认值200）\n”
“T-MialnLeN= Num \最小MAF对齐块长度考虑（默认值200）\n”
“\t-speciesMain=NAME\t*maf文件中主要物种的名称（与“.”之前显示的完全相同）（必需）\n”
“\t-speciesOther=NAME\t*maf文件中其他物种的名称（与“.”之前显示的完全相同）（必需）\n”
);
}//最终用途（）
静态结构选项Spec选项[]={
/*包含命令行选项的结构*/
{（char*）“帮助”，选项_STRING}，
{（char*）“minScore”，选项_INT}，
{（char*）“minAlnLen”，OPTION_INT}，
{（char*）“speciesMain”，选项_STRING}，
{（char*）“speciesOther”，选项_STRING}，
{NULL，0}
}; //结束选项（）
/**
*Main函数，获取成对qseq读取的文件名
*并输出三个文件。
*/
int iterateoveralignmentblocksandstoreInfo（char*fileName、const int minScore、const int minAlnLen、const string speciesMain、const string speciesOther）{
结构mafFile*mFile=mafOpen（文件名）；
mafAli结构*马里；
//环行对齐块
while（（mAli=mafenext（mFile））！=NULL）{
结构mafComp*first=mAli->components；
int seqlen=mAli->textSize；
//首先在此块中查找并存储一组重复项
集看到；
设置DUP；
如果（马里->得分next）{
字符串tmp（项目->src）；
字符串tname=split（tmp，'.'）[0]；
如果（见计数（tname））{
//看到这个项目了吗
重复插入（tname）；
}否则{
见。插入（tname）；
}
}
对于（结构mafComp*item1=first；item1->next！=NULL；item1=item1->next）{
//在结束前停止一个
字符串tmp1（项目1->src）；
向量名称PLIT1（分裂（tmp1’，）；
字符串名称1（nameSplit1[0]）；
if（dups.count（name1）| |（name1！=speciesMain&&name1！=speciesOther））{
继续；
}
对于（结构mafComp*item2=item1->next；item2！=NULL；item2=item2->next）{
字符串tmp2（项目2->src）；
向量名称PLIT2（分裂（tmp2’，）；
字符串name2=nameSplit2[0]；
if（dups.count（name2）| |（name2！=speciesMain&&name2！=speciesOther））{
继续；
}
字符串chr1（nameSplit1[1]）；
字符串chr2（nameSplit2[1]）；
炭链；
如果（项目1->串==项目2->串）
链='+'；
其他的
链='-'；
int start1，end1，start2，end2；
如果（item1->strand=='+'）{
start1=项目1->start；
end1=start1+item1->尺寸；
}否则{
end1=项目1->开始；
start1=end1-item1->size；
}
如果（item2->strand=='+'）{
start2=项目2->start；
end2=开始2+item2->size；
}否则{
end2=项目2->开始；
开始2=结束2-项目2->大小；
}
if（name1==speciesMain）{
PairAlnInfo aln（chr2，start1，end1，start2，end2，绞线）；
pairalinfobyposbychrom[chr1][start1
(more results)...
98000   27527   162181  0.83027
99000   27457   161467  0.829953
100000  27411   160794  0.829527

Program received signal EXC_BAD_ACCESS, Could not access memory.
Reason: KERN_INVALID_ADDRESS at address: 0x00004a2c00106077
0x00007fff9365a6e5 in std::string::_Rep::_M_dispose ()
(gdb) up
#1  0x00007fff9365a740 in std::basic_string, std::allocator >::~basic_string ()
(gdb) up
#2  0x0000000100003938 in main (argc=1261, argv=0x851d5fbff533) at mafPairwiseSyntenyDecay.cpp:301
(gdb)
 for(int k = numBucketsThisWindow; k<numDiscontigBuckets && k < blockSize; k++){