C++ R包与Rcpp的链接错误：“；未定义符号：LAPACKE_dgels“；

我正在使用R API头文件“R_ext/LAPACK.h”创建一个R包“lapacker”，为R提供和使用的内部LAPACK库（仅具有双精度和双复杂度）提供C接口。源代码：

项目结构：

/lapacker
  /inst
    /include
      /lapacke.h
      /someother header files
  /R
    /zzz.R
  /src
    /lapacke_dgetrf.c
    /lapacke_dgetrf_work.c
    /loads of other utility functions provided by LAPACKE 
    /rcpp_hello.cpp
  DESCRIPTION
  NAMESPACE

在项目内部，我在rcpp_hello.cpp文件中尝试了一个测试函数（注意，这个示例来自：

但是，当我创建一个单独的C++文件时，用相同的函数表示DEMO3.CPP，

#include <Rcpp.h>

#include <lapacke.h>
// [[Rcpp::depends(lapacker)]]

// [[Rcpp::export]]
void lapacke_dgels_test()
{
  double a[5][3] = {{1,1,1},{2,3,4},{3,5,2},{4,2,5},{5,4,3}};
  double b[5][2] = {{-10,-3},{12,14},{14,12},{16,16},{18,16}};
  lapack_int info,m,n,lda,ldb,nrhs;
  int i,j;

  m = 5;
  n = 3;
  nrhs = 2;
  lda = 3;
  ldb = 2;

  info = LAPACKE_dgels(LAPACK_ROW_MAJOR,'N',m,n,nrhs,*a,lda,*b,ldb);

  for(i=0;i<n;i++)
  {
    for(j=0;j<nrhs;j++)
    {
      printf("%lf ",b[i][j]);
    }
    printf("\n");
  }
}

我还检查了/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/lapacker/libs下的lapacker.so，发现：

000000000000c6b0 g    DF .text  00000000000001bf  Base        LAPACKE_dgels

---

我是否错过了正确编译demo3.cpp的方法？非常感谢您的耐心和时间

您在这里面临一个难题。您试图解析的符号

lapackedgels

是

lapacker的一部分。因此

，在包安装期间生成。问题是，R包的库不是用来链接的。相反，它们在运行时由R动态加载。基本上，我认为有四种可能性：

将

lapacke

转换为仅标题库，并将其安装在

inst/include

（c.f.

RcppArmadillo

）中

链接到系统安装的

lapacke

（在Linux上很容易…）

向R注册所有函数，并使用R提供的方法链接到它们（c.f.和

nloptr

）

编译一个用于链接的库，并将其与R包一起安装。您仍然需要一个插件才能工作，因为您必须将

-L-L….

添加到

PKG_LIBS

我确信在CRAN上有使用方法4的例子，但现在还没有想到。然而，作为一个“代码kata”，我已经将我最近的一个测试包转换为使用这种结构，c.f

---

（原始答案不完整。）

在

src/Makevars

中

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

当通过Rcpp属性编译cpp文件时，需要一个模拟设置。实现这一点的最佳方法是使用Rcpp插件c.f.（调整未经测试！）：

---

inlinecxplugin谢谢，我会试试的。但是我感觉到它可能会产生同样的错误，就像我对另一个PKG’CBLAS'（内部和单独的C++文件都正确编译）一样。我知道犰狳，实际上我在几个项目中使用了Rcpp和RcppArmadillo。我正在实现一个矩阵库来练习C++，不幸的是它是行的主要排序。如果我想在内部使用BLAS和LAPACK，最好的选择是使用cblas.h和LAPACK.h，它们不是由R提供的。在矩阵R pkg的“描述”中添加“LinkingTo:cblasr，lapacker”，我将得到相同的链接错误。@ypan1988您是对的，我的初始解决方案将不完整。请参阅更新。顺便说一句，我很惊讶它能为cblasr工作。再次感谢！我设法解决了这个问题，最好的办法是通过选项1——将库更改为只包含头部的库。一开始我对“LinkingTo”有点困惑，它主要是为头文件添加额外的目录。
> Rcpp::sourceCpp("~/Desktop/demo3.cpp", showOutput = TRUE)
/usr/lib/R/bin/R CMD SHLIB -o 'sourceCpp_6.so'  'demo3.cpp'  
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/yipan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" -I"/home/yipan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/lapacker/include" -I"/home/yipan/Desktop"    -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-AitvI6/r-base-3.4.4=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c demo3.cpp -o demo3.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o sourceCpp_6.so demo3.o -L/usr/lib/R/lib -lR
Error in dyn.load("/tmp/RtmpUsASwK/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.0/sourcecpp_159e6145591d/sourceCpp_6.so") : 
  unable to load shared object '/tmp/RtmpUsASwK/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.0/sourcecpp_159e6145591d/sourceCpp_6.so':
  /tmp/RtmpUsASwK/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.0/sourcecpp_159e6145591d/sourceCpp_6.so: undefined symbol: LAPACKE_dgels

000000000000c6b0 g    DF .text  00000000000001bf  Base        LAPACKE_dgels

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

inlineCxxPlugin <- function(...) {
    plugin <-
        Rcpp::Rcpp.plugin.maker(
                  include.before = "#include <lapacke.h>",
                  libs           = "$(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)",
                  package        = "lapacker"
              )
    settings <- plugin()
    settings$env$PKG_CPPFLAGS <- "-I../inst/include"
    settings
}