Debugging 调试littler/rscript

如何调试从命令行运行的

rscript

我目前正在使用

getopt

包传递命令行选项，但如果出现错误，我很难：

看看到底出了什么问题

在

R

中交互调试（因为脚本需要命令行选项。）

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有人有示例代码并愿意分享吗

我要么使用老式的打印语句，要么使用交互式分析。为此，我首先使用

save（）

保存状态，然后将其加载到交互式会话中（为此我使用Emacs/ESS）。这允许在逐行的基础上使用脚本代码进行交互式工作

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但是我通常先在交互模式下编写/测试/调试代码，然后再将其部署到一个较小的脚本中。

您可以使用--args将命令行参数传递到一个交互shell中，然后将脚本源（“”）传递给它

$ R --args -v

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Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> require(getopt)
Loading required package: getopt
> opt = getopt(c(
+ 'verbose', 'v', 2, "integer"
+ ));
> opt
$verbose
[1] 1
> source('my_script.R')

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您现在可以使用旧的browser（）函数进行调试。

另一个选项是使用选项（错误）功能。下面是一个简单的例子：

options(error = quote({dump.frames(to.file=TRUE); q()}))

您可以在错误条件下创建任意复杂的脚本，因此您应该决定调试所需的信息

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否则，如果有您关心的特定区域（例如连接到数据库），则将它们封装在tryCatch（）函数中。

我尝试了您的建议，得到了以下结果：-（

>R-I indivA12_AATAAG-d hmm_data/indivA12_AATAAG-c all***进一步的命令行参数（'-I indivA12_AATAAG-c all'））忽略

好的，没关系，我错过了你说要使用的部分--args.Now R打开，但我得到了这个错误：

>source（'msg/write hmm data.R'）if（file==“”）文件中的错误