Dictionary Julia中的词典帮助-从文本文件创建词典

我试图从Julia中的文本文件内容创建一个库，用于生物信息学问题。文件的格式如下所示：

UUU F      CUU L      AUU I      GUU V
UUC F      CUC L      AUC I      GUC V
...

我想制作一本字典，其中键是三个字母的部分（密码子），条目是一个字母的部分（氨基酸）。我能够使用grep拉出正确的组件：

for m in eachmatch(r"([AUGC]{3,3})\s([A-Z])", file)
    codon, aa = m.captures

如果我在这个循环中打印

codon

和

aa

，我会得到正确的输出（所有的密码子，所有的aa），但我不知道如何将其放入字典中。如果我这样做：

codons={codon=>aa}

在循环的末尾，我会得到一个只包含最后一个条目的字典

我确信语法是非常明显的，但我是生物学家，不是程序员，所以我对语法的阅读并没有任何帮助。它说：

给定字典D，语法D[x]返回键x的值（如果存在）或抛出错误，D[x]=y将键值对x=>y存储在D中（替换键x的任何现有值）

但是我在循环结束时尝试了

codons[codon]=aa

（我在循环之前用

codons={}

启动了字典），但是我得到了错误：

no method setindex!(Array{Any,1},SubString{UTF8String},SubString{UTF8String})
at In[35]:5
 in anonymous at no file:4

任何帮助都将不胜感激

编辑：显然，我没有正确启动字典。如果我在开始时使用

codons={“blah”=>“blahblah”}

，循环将正常工作并正确填充。所以有一个修改后的问题：如何启动空库

EDIT2:最小不工作示例：

file = open(readall, "rna_codons.txt")
codons = {}
for m in eachmatch(r"([AUGC]{3,3})\s([A-Z])", file)
    codon, aa = m.capture
    codons[codon] = aa
end

---

只是为了总结一个最小工作示例（MWE），用于将格式化文本文件读入Julia

注意：如果文件非常大，可能有一种更快的方法生成您的

Dict

编辑

鉴于您明显的文本文件格式，这里有另一种方法来创建您的

Dict

。我没有进行任何测试来确定任何性能损失/增益

condon_array = open(readdlm, "rna_codons.txt")
condons = Dict{ASCIIString,ASCIIString}(condon_array[:,1:2:end][:],condon_array[:,2:2:end][:])

---

注意：如果你使用它，最好检查它的正确性。

你会编辑你的原始帖子并包括一个最小的（非）工作示例吗？另外，您使用的是什么版本/平台？在我的0.3版本之前的Linux机器上有一个小例子似乎可以很好地工作。也许你只是需要

密码子[codon]=aa

在你的循环中？。。。循环之前的

codons=Dict（）

？是的，我缺少的是

codons=Dict（）

——我想我是在尝试使用python语法启动字典。谢谢这个文件不是很大，但我想听听建议。由于我只是在学习编程（而解决这些问题的全部目的就是学习），我不如学习最佳实践，而不是养成坏习惯。如果您的文本文件只有由一致分隔符分隔的有效文本，您可能需要查看以下内容。您可能还想阅读和玩一些游戏

condon_array = open(readdlm, "rna_codons.txt")
condons = Dict{ASCIIString,ASCIIString}(condon_array[:,1:2:end][:],condon_array[:,2:2:end][:])