Directory 计算物理项目中的目录结构 现状

我的科学项目主要包含不同的分析和数值计算，具有物理目的，即我使用Mathematica、MATLAB、Fortran。当然，使用git这样的版本控制程序提交进度是个好主意

我问一些朋友什么是组织我的文件的最好方式。除了简单而著名的程序员的文件结构（

/bin/

，

/dat/

，

/doc/

，

/src/

，…），我没有找到令人满意但类似的答案：

我希望这个问题不会像物理学家所问的那样结束；）我猜很多科学家在某种程度上或多或少地面临着同样的问题。我知道程序员以前遇到过这样的问题，所以我不会问这个问题，因为它可能会被标记为

主题外

或

太宽泛

例子 在我的上一个项目中，我有以下全球结构，其中我在不同项目项之间进行了一些交互：

/External_Code_Contribution/
/Experimental_Data/
/Analytical_Calculations/
  /Project_Issue_1/
  /Project_Issue_5/
/Documentations/
  /Thesis/
  /Papers/
  /Talks/
/Literature/
/Project_Organization/
/Numerical_Calculations/
  /Project_Issue_1/
    /SubIssue_A/
    /SubIssue_B/
    /SubIssue_C/
  /Project_Issue_2/
  /Project_Issue_3/
  /Project_Issue_4/
  /Project_Issue_6/

说明： 在这个项目中，我根据文件的功能（外部贡献、经验数据、数字、文档等）对文件进行了划分，然后根据文件的问题对文件进行了细分（在该步骤中进行了计算），其中每个问题再次包含子问题（例如，对于使用不同数据集的类似计算），使用源代码、二进制文件和处理过的数据（为了简单起见，所有文件都在同一目录中）

不幸的是，在这种方法中，我不得不：

• 请参阅相应问题中的源代码（更改任何内容可能导致不兼容的危险），或
• 将源代码复制到每个新版本（具有相同名称但位于不同文件夹中的每个源代码文件可能不同）

问题: 谁面临着在目录中构建项目的问题？请告诉我你的方法和将你带到这个结构的论点

（可能的添加：在如上所述为项目设置文件结构时，我应该记住什么？）

---

如果您不完全理解答案，请不要犹豫，直接提问，不要犹豫。谢谢！

我认为没有一个干净的算法可以将文件组织到目录结构中。但是有一个更窄的算法（因此需要负责）中间的问题：如何处理几个数据集，所有的计算都是相似的，但不是完全相同的。这是值得追求的吗？它绝对值得用更窄的问题来解决。我只是不能完全确定我是否理解你的意思。所以我重新表述了一个更窄的问题：处理几个（类似的）数据集或源代码文件，它们具有几乎相同的功能，但也请告诉我你是如何解释“中间的问题”的！