Download Snakemake-下载数据的规则

Download Snakemake-下载数据的规则,download,snakemake,Download,Snakemake,我在实现管道时遇到了一些问题,其中第一步是从某个服务器下载数据。据我所知,所有规则都必须有输入文件。但是,在我的例子中,“input”是一个ID字符串,它提供给访问服务器并下载数据的脚本。 我知道snakemake中的选项,但我从()下载的服务器不在该列表中。此外,我正在使用一个调用aspera的脚本来提高下载速度。 关于如何在snakemake中实现这样的场景,您有什么想法吗?规则实际上不需要输入字段,因此类似这样的内容是可能的: rule download: output:

我在实现管道时遇到了一些问题,其中第一步是从某个服务器下载数据。据我所知,所有规则都必须有输入文件。但是,在我的例子中,“input”是一个ID字符串,它提供给访问服务器并下载数据的脚本。
我知道snakemake中的选项,但我从()下载的服务器不在该列表中。此外,我正在使用一个调用aspera的脚本来提高下载速度。

关于如何在snakemake中实现这样的场景,您有什么想法吗?

规则实际上不需要输入字段,因此类似这样的内容是可能的:

rule download:
    output:
        "downloads/{sample}.fa"
    shell:
        "ascp ftp:/url_here+{wildcards.sample}"