For loop 互补DNA序列

我在写这个循环时遇到问题；它似乎在第二个序列之后停止

我想把互补的DNA序列返回给给定的DNA序列

例如（'AGATTC'）->（'TCTAAG'），其中A:T和C:g

def get_complementary_sequence(dna):
    """(str) -> str

> Return the DNA sequence that is complementary to the given DNA sequence

    >>> get_complementary_sequence('AT')
    ('TA')
    >>> get_complementary_sequence('AGATTC')
    ('TCTAAG')

    """

    x = 0
    complementary_sequence = ''

    for char in dna:
            complementary_sequence = (get_complement(dna))

    return complementary_sequence + (dna[x:x+1])

---

有人能发现为什么循环没有继续吗？

你在所有

dna

上调用

get\u complete

，而不是每个

char

。这将简单地调用具有相同参数len（dna）次的come函数。如果从不使用

char

s，就没有理由循环使用它们。如果

get\u complete（）

可以使用字符，我建议：

for char in dna:
    complementary_sequence += get_complement(char)

get_补码的实现将使用单个字符并返回其补码

另外，您将返回互补序列+（dna[x:x+1]）。如果您希望函数符合您所记录的行为，

+（dna[x:x+1]）

将从

dna

字符串的开头添加一个额外的（错误的）字符。您只需返回互补序列！感谢@Kevin的关注

你在做什么：

>>> dna = "1234"
>>> for char in dna:
...     print dna
... 
1234
1234
1234
1234

我所想的更接近你想要做的事情：

>>> for char in dna:
...     print char
... 
1
2
3
4

总而言之：

# you could also use a list comprehension, with a join() call, but
# this is closer to your original implementation.
def get_complementary_sequence(seq):
    complement = ''
    for char in seq:
        complement += get_complement(char)
    return complement

def get_complement(base):
    complements = {'A':'T', 'T':'A', 'C':'G', 'G':'C'}
    return complements[base]

>>> get_complementary_sequence('AT')
'TA'
>>> get_complementary_sequence('AGATTC')
'TCTAAG'

发生了什么？ 你的电话是：

complementary_sequence = (get_complement(dna))

…n次，其中n是字符串的长度。这就给您留下了

get\u complement（dna）

在

complemental\u序列中的返回值。大概只有一封信吧

然后返回这一个字母（
complementary_sequence
），后跟子字符串
dna[0:1]
（即
dna
中的第一个字母），因为
x
总是
0

这就是为什么总是返回两个字符

如何修复它？
假设您有如下函数：

def get_complement(d):
    return {'T': 'A', 'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C'}.get(d, d)

…您可以通过简单地使用和来修复您的函数：

下面是一个我将如何做到这一点的示例-实际上只有两行代码：

from string import maketrans

DNA="CCAGCTTATCGGGGTACCTAAATACAGAGATAT" #example DNA fragment

def complement(sequence):
  reverse = sequence[::-1]
  return reverse.translate(maketrans('ATCG','TAGC'))

print complement(DNA)

什么是

get_completedo？get_complete产生互补碱基对，例如'A'：'T'@user2773611这确实打印互补字符串刚才尝试了上面的代码，它只产生了：get_completive_sequence（'AGATTC'）返回'T'@user2773611我想你误解了我的解释。我已经编辑过了，给你一个完整的，有效的版本。也许我理解了get_补码应该做的错误。你的get_补码工作得很好，就在我运行get_补码序列（'AGATTC'）时，我得到（'T'）@user2773611你使用的正是我实现的那个吗？从测试用例中可以看出，它是有效的。您确定循环缩进正确吗？如果不是，它可能会运行一次，您会看到这种行为。

from string import maketrans

DNA="CCAGCTTATCGGGGTACCTAAATACAGAGATAT" #example DNA fragment

def complement(sequence):
  reverse = sequence[::-1]
  return reverse.translate(maketrans('ATCG','TAGC'))

print complement(DNA)