Git与CMS：当我卸载插件时，我如何在Git中轻松反映这一点？

我在做CMS-Joomla！而我是在合作。我们在单独的分支上修改代码，然后使用FTP通过Circle CI推送和部署

如果我卸载live站点上的某些内容，它会删除一些文件和数据库条目。我们目前并没有将DB存储在Git中，只是存储文件

虽然有时我可以预测哪些文件被删除，但我不能总是完全知道它们

我认为解决这个问题的最好办法是创建一个新分支，签出新分支，删除所有文件，然后通过FTP下载所有文件/文件夹

然后合并/推送分支

这看起来不一定是最平滑的过程，看起来FTP应该直接推送到Git。这有意义吗？有人能提出更好的方法吗