Hdf5 如何使用h5py读取可变长度字符串

我试图使用h5py从用C创建的HDF5文件中读取可变长度字符串数组。举个简单的例子，我使用了HDF5组中的可变长度字符串数组示例h5ex_t_vlstringatt.C at。我用h5pcc编译，示例程序运行良好（它读入它编写的文件并打印出内容）

然而，我在python中只得到一个空对象；用一个简单的示例程序

import h5py                                                                      
fnam = 'h5ex_t_vlstringatt.h5'                                                   
data = h5py.File(fnam, 'r')                                                      
print data['DS1']

我明白了

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此外，我正在使用刚刚更新的python anaconda发行版，因此h5py是~2.8版。

从链接下载该文件：

2148:~/mypy$ h5dump h5ex_t_vlstringatt.h5 
HDF5 "h5ex_t_vlstringatt.h5" {
GROUP "/" {
   DATASET "DS1" {
      DATATYPE  H5T_STD_I32LE
      DATASPACE  NULL
      DATA {
      }
      ATTRIBUTE "A1" {
         DATATYPE  H5T_STRING {
            STRSIZE H5T_VARIABLE;
            STRPAD H5T_STR_SPACEPAD;
            CSET H5T_CSET_ASCII;
            CTYPE H5T_C_S1;
         }
         DATASPACE  SIMPLE { ( 4 ) / ( 4 ) }
         DATA {
         (0): "Parting", "is such", "sweet", "sorrow."
         }
      }
   }
}
}

在Ipython会议中

In [167]: f = h5py.File('h5ex_t_vlstringatt.h5', 'r')
In [168]: list(f.keys())
Out[168]: ['DS1']
In [169]: f['DS1']
Out[169]: <HDF5 dataset "DS1": shape (), type "<i4">
In [170]: f['DS1'].attrs
Out[170]: <Attributes of HDF5 object at 2826604252>
In [171]: list(f['DS1'].attrs.keys())
Out[171]: ['A1']
In [172]: f['DS1'].attrs['A1']
Out[172]: array([b'Parting', b'is such', b'sweet', b'sorrow.'], dtype=object)

[167]中的

f=h5py.File（'h5ex\u t\u vlstringatt.h5'，'r'）
在[168]中：列表（f.keys（））
Out[168]：['DS1']
在[169]中：f['DS1']
出[169]：
在[170]中：f['DS1'].attrs
出[170]：
在[171]中：列表（f['DS1'].attrs.keys（））
Out[171]：[A1']
在[172]中：f['DS1'].attrs['A1']
Out[172]：数组（[b'deving'，b'is some'，b'sweet'，b'saless.]，dtype=object）

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字符串存储在数据集的属性中，而不是作为集合的值。

Ah，正是如此。现在一切都很好。我仍然不知道如何编写可变长度字符串的数据集，但至少在我的应用程序中，将它们作为属性写入更有意义。你试过了吗？我已经回答了一些关于这方面的问题。我确实看过本教程，但我对用C编写变长字符串感兴趣，而不是用python。我应该遵循中的h5ex_t_vlstring.c，但将字符串数组作为属性编写对我来说是有意义的。

In [167]: f = h5py.File('h5ex_t_vlstringatt.h5', 'r')
In [168]: list(f.keys())
Out[168]: ['DS1']
In [169]: f['DS1']
Out[169]: <HDF5 dataset "DS1": shape (), type "<i4">
In [170]: f['DS1'].attrs
Out[170]: <Attributes of HDF5 object at 2826604252>
In [171]: list(f['DS1'].attrs.keys())
Out[171]: ['A1']
In [172]: f['DS1'].attrs['A1']
Out[172]: array([b'Parting', b'is such', b'sweet', b'sorrow.'], dtype=object)