Java 将输出重定向到提要作为命令行的输入？

我想在bash脚本中运行以下代码：

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic < samtools view -b -u -q 1 $n_b \
| samtools pileup -f $r - < samtools view -b -u -q 1 $t_b \
| samtools pileup -f $r - output

是参数和参数之一

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r

是另一个参数。这两个参数本身都是可执行的

所以我想要的是

samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r -

先执行

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r

---

输出变成了躯体的输入。

可能不是答案，因为我不理解这个问题：

我会用

（samtools视图-b-u-Q1$n|b | samtools堆积-f$r-\ samtools视图-b-u-q 1$t|b | samtools堆积-f$r-）\

---

|java-jarvarscan.v2.2.jar输出

---

[EDIT]我想我现在明白你的问题了，如果我错了，请纠正我

让我们从最简单的示例开始，该示例具有与您的示例相同数量的不同命令行。假设您有三个程序，“体细胞”、“samtools1”和“samtools2”。samtools1和samtools2接受两个参数，而samtools1和samtools2不接受任何参数

让我们进一步想象一下，当运行samtools1时，它会产生一个单词“output1”。同样，让我们想象一下，当运行samtools2时，它会产生一个单词“output2”。然后您希望运行该命令

somatic output1 output2

作为命令行

实现这一目标的方法是

somatic `samtools1` `samtools2`

不涉及重定向

或者在血淋淋的细节上，用你最初的例子，比如

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic `samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r -` `samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r - output`

虽然“和”之间可能存在一些相互作用，但这需要一些括号或引号。我还没试过运行这个

[留给审计的旧东西]

您的问题对我来说并不完全清楚：您是否清楚您是想重定向输出还是制定一个命令行？我猜你指的是后者，因为你说的是两个参数，只有一个标准输入

如果要从命令的输出公式化命令行参数，则要使用的bash语法是反引号“`”

例如，要运行一个命令'mycommand'，该命令预期一个日期作为其命令行argumemt，您可以使用

mycommand `date`

---

它将运行date命令，并使用该命令的输出作为mycommand的第一个参数。

我的问题的解决方案位于：

---

$n_p和$t_p是可执行命令。因此，最后我们得到一个命令：java-jar VarScan.v2.2.jar，但是$n_p和$t_p是VarScan的体细胞功能的输入参数：嘿，彼得……谢谢你的评论……非常感谢。我已经更新了我的问题，所以现在更清楚了…thanskI删除了我的答案，因为我不知道体细胞VarScan。谢谢你的回答…好的，我试着重新表述我的问题。你现在能理解吗…不确定，这是否有帮助？好的…这是软件的链接…谢谢…Burleigh Bear。。！我会试试你的建议。非常感谢你的帮助。。

mycommand `date`