Java 加载本体以提取所有导入的名称空间

我正在尝试加载保存在电脑上的本体。文件格式为.n3。 在做了大量工作并搜索了可能的解决方案之后，我没有找到加载本体的合适方法

我尝试了以下代码：

import edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL;
import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.OWLModel;

public class Extractor {

public static void main(String[] args) {
    String ontologyURI = "file:///C:/acco.n3";
    try {

        OWLModel owlModel = ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(ontologyURI);       
        System.out.println("Worked");

    }catch (Exception exception) {  
        System.out.println("Error can't upload the ontologie ");
    }
}
}

但它总是给我一个错误：

Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/commons/logging/LogFactory
at com.hp.hpl.jena.graph.Node.<clinit>(Node.java:35)
at com.hp.hpl.jena.rdf.model.impl.ResourceImpl.fresh(ResourceImpl.java:108)
at com.hp.hpl.jena.rdf.model.impl.ResourceImpl.<init>(ResourceImpl.java:68)
at com.hp.hpl.jena.rdf.model.ResourceFactory$Impl.createResource(ResourceFactory.java:176)
at com.hp.hpl.jena.rdf.model.ResourceFactory.createResource(ResourceFactory.java:69)
at com.hp.hpl.jena.vocabulary.RDF.resource(RDF.java:29)
at com.hp.hpl.jena.vocabulary.RDF.<clinit>(RDF.java:37)
at com.hp.hpl.jena.datatypes.xsd.impl.XMLLiteralType.<clinit>(XMLLiteralType.java:30)
at com.hp.hpl.jena.datatypes.TypeMapper.<clinit>(TypeMapper.java:52)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.OWLSystemFrames.createRDFSDatatypes(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.OWLSystemFrames.createOWLInstances(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.OWLSystemFrames.createOWLMetaModel(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.OWLSystemFrames.<init>(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.swrl.SWRLSystemFrames.<init>(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.AbstractOWLModel.createSystemFrames(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.AbstractOWLModel.createSystemFrames(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protege.model.DefaultKnowledgeBase.<init>(DefaultKnowledgeBase.java:79)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.AbstractOWLModel.<init>(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaOWLModel.<init>(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaKnowledgeBaseFactory.createKnowledgeBase(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protege.model.Project.createDomainKB(Project.java:429)
at edu.stanford.smi.protege.model.Project.createDomainKnowledgeBase(Project.java:447)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.creator.OwlProjectFromUriCreator.create(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(Unknown Source)
at Extractor.main(Extractor.java:28)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: org.apache.commons.logging.LogFactory
at java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.loadClass(BuiltinClassLoader.java:582)
at java.base/jdk.internal.loader.ClassLoaders$AppClassLoader.loadClass(ClassLoaders.java:190)
at java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:499)
... 25 more

线程“main”java.lang.NoClassDefFoundError中的异常：org/apache/commons/logging/LogFactory 位于com.hp.hpl.jena.graph.Node.（Node.java:35） 在com.hp.hpl.jena.rdf.model.impl.ResourceImpl.fresh（ResourceImpl.java:108）上 位于com.hp.hpl.jena.rdf.model.impl.ResourceImpl.（ResourceImpl.java:68） 在com.hp.hpl.jena.rdf.model.ResourceFactory$Impl.createResource（ResourceFactory.java:176）上 位于com.hp.hpl.jena.rdf.model.ResourceFactory.createResource（ResourceFactory.java:69） 位于com.hp.hpl.jena.词汇表.RDF.resource（RDF.java:29） 访问com.hp.hpl.jena.词汇表.RDF.（RDF.java:37） 位于com.hp.hpl.jena.datatypes.xsd.impl.XMLLiteralType。（XMLLiteralType.java:30） 位于com.hp.hpl.jena.datatypes.TypeMapper.（TypeMapper.java:52） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.OWLSystemFrames.createRDFSDatatypes（未知源） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.OWLSystemFrames.createOWLInstances（未知源） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.OWLSystemFrames.createowlmetalmodel（未知源） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.OWLSystemFrames。（未知来源） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.swrl.SWRLSystemFrames。（未知来源） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.AbstractOWLModel.createSystemFrames（未知源） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.AbstractOWLModel.createSystemFrames（未知源） 位于edu.stanford.smi.protege.model.DefaultKnowledgeBase.（DefaultKnowledgeBase.java:79） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.AbstractOWLModel。（未知来源） 在edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaOWLModel。（未知来源） 在edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaKnowledgeBaseFactory.createKnowledgeBase（未知来源） 位于edu.stanford.smi.protege.model.Project.createDomainKB（Project.java:429） 位于edu.stanford.smi.protege.model.Project.createDomainKnowledgeBase（Project.java:447） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.creator.OwlProjectFromUriCreator.create（未知来源） 位于edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI（未知源） 位于Extractor.main（Extractor.java:28） 原因：java.lang.ClassNotFoundException:org.apache.commons.logging.LogFactory 位于java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.loadClass（BuiltinClassLoader.java:582） 位于java.base/jdk.internal.loader.ClassLoaders$AppClassLoader.loadClass（ClassLoaders.java:190） 位于java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass（ClassLoader.java:499） ... 25多 我需要您的帮助来解决这个错误，或者找到一种加载本体的方法来从中提取知识。 提前谢谢

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更新：

我将缺少的依赖项添加到类路径中，正如冷冻豌豆的@Roddy所建议的那样

但它给了我以下错误：

WARNING: [Local Folder Repository] The specified file must be a directory. (C:\eclipse-workspace\NewEx\plugins\edu.stanford.smi.protegex.owl) -- LocalFolderRepository.update()
Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/protege/editor/owl/model/hierarchy/roots/Relation
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.parser.TripleProcessor.<init>(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.parser.GlobalParserCache.getTripleProcessor(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.parser.ProtegeOWLParser.loadTriples(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.parser.ProtegeOWLParser.run(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaKnowledgeBaseFactory.loadKnowledgeBase(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protege.model.Project.loadDomainKB(Project.java:1346)
at edu.stanford.smi.protege.model.Project.createDomainKnowledgeBase(Project.java:456)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.creator.OwlProjectFromUriCreator.create(Unknown Source)
at edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(Unknown Source)
at Extractor.main(Extractor.java:10)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: org.protege.editor.owl.model.hierarchy.roots.Relation
at java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.loadClass(BuiltinClassLoader.java:582)
at java.base/jdk.internal.loader.ClassLoaders$AppClassLoader.loadClass(ClassLoaders.java:190)
at java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:499)
... 10 more

警告：[本地文件夹存储库]指定的文件必须是目录。（C:\eclipseworkspace\NewEx\plugins\edu.stanford.smi.protegex.owl）--LocalFolderRepository.update（）
线程“main”java.lang.NoClassDefFoundError中出现异常：org/protege/editor/owl/model/hierarchy/root/Relation
位于edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.parser.TripleProcessor。（未知来源）
位于edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.parser.GlobalParserCache.getTripleProcessor（未知源）
位于edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.parser.ProtegeOWLParser.loadTriples（未知源）
位于edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.parser.ProtegeOWLParser.run（未知源）
位于edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaKnowledgeBaseFactory.loadKnowledgeBase（未知来源）
位于edu.stanford.smi.protege.model.Project.loadDomainKB（Project.java:1346）
位于edu.stanford.smi.protege.model.Project.createDomainKnowledgeBase（Project.java:456）
位于edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.creator.OwlProjectFromUriCreator.create（未知来源）
位于edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI（未知源）
位于Extractor.main（Extractor.java:10）
原因：java.lang.ClassNotFoundException:org.protege.editor.owl.model.hierarchy.roots.Relation
位于java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.loadClass（BuiltinClassLoader.java:582）
位于java.base/jdk.internal.loader.ClassLoaders$AppClassLoader.loadClass（ClassLoaders.java:190）
位于java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass（ClassLoader.java:499）
... 10多

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有什么建议吗？

java.lang.ClassNotFoundException:org.protege.editor.owl.model.hierarchy.root.Relation

您还需要其他依赖项。您应该使用一个可以为您解决依赖关系闭包的构建系统，比如Maven、Gradle或类似的系统，而不是零碎地进行构建

这里的问题不是特定于Protege或与本体相关的，只是类路径中缺少普通Java库

请注意，您的代码不使用OWLAPI。这些类是Jena类和Protege类（我想是Protege3.x的）。请注意，Protege3.x是一个非常过时的API。考虑使用一个更新版本（5.2.0或更新），或者直接使用实际的OWL API。看

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owlapi还有包含所有依赖项的zip文件，这可能会简化您的工作（Maven仍然比手工解析依赖项要好）。请参见

是否尝试将该依赖项添加到类路径？这只是一个日志库。你是对的，谢谢你的回答。首先，我使用了OWLAPI，但它在解析某些词汇表时抛出了一些异常（我需要解析600多个词汇表并从中提取名称空间）。所以我修改了代码，使用了Jena库。我将尝试重建代码并使用OWLAPI。我发现提取我需要的信息更好。