Java/MySQL插入导致OutofMemory异常

我一直在设计一个通过PHP连接的Java服务器，它接受一系列的蛋白质链并对每一条进行计算。计算由外部Perl脚本处理，这些脚本将数据返回到Java，然后将Java插入MySQL数据库

Java成功执行Perl脚本并返回数据，问题在于MySQL插入数据。Java似乎抛出了OutofMemory异常（堆空间不足）。在谷歌搜索大多数解决方案后，似乎都涉及到“增加堆大小”，问题是10条蛋白质链将堆大小增加到500MB似乎可以解决问题，但如果再次输入20条链，堆大小将不得不增加，1000条链（系统应能处理的）增加堆大小不是一个选项

我的问题是

• MySQL插入的作用是什么导致堆被填满，为什么JVM没有清理多余的数据？MySQL查询不是一个准备好的语句，只是一个简单的INSERT和executeUpdate。我们使用的是驱动程序mysql-connector-java-5.1.13-bin

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启用该选项，当服务器内存不足时，使用类似的工具查看.hprof文件。MAT会告诉你谁在使用内存，它也会试图找出漏洞。

导致JVM内存崩溃的不是MySQL，只有JVM操作才能做到这一点

您的代码可能是“按块”完成的，看起来像以下伪代码：

List<ProteinResult> results = new ArrayList<ProteinResult>();
for (int i = 0; i < 1000; i++)
    results.add(callPerl(proteins[i]));

for (ProteinResult pr : results)
    db.execute("insert into ...", results);

List results=new ArrayList（）；
对于（int i=0；i<1000；i++）
结果：添加（callPerl（蛋白质[i]）；
对于（ProteinResult pr:结果）
db.执行（“插入…”，结果）；

如果是这样，请将其转换为“流样式”，它一次只做一件事，并且不会超过必须的时间保留对象，并且这是完全可伸缩的：

for (int i = 0; i < 1000; i++)
    db.execute("insert into ...", callPerl(proteins[i])));

for（int i=0；i<1000；i++）
execute（“insert-into…”，callPerl（proteins[i]））；

如果从表面上看代码并没有得到答案，您可以使用JVM探查器找出哪些对象正在占用内存，它与正在运行的JVM挂钩，可以告诉您诸如每秒创建多少个对象以及它们是什么类等信息。您的内存泄漏应该为探查器留下大量线索

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这里有一个您可以查看的选项：

您的代码似乎在泄漏内存。请发布一些代码。当您使用VisualVM这样的内存探查器时，您会看到什么？可能是您的代码，而不是insert。您是否关闭了所有的结果集、PreparedStatements和finally块，因为这些对象永远不会被GC’ed，并一直保持在usedMemory中，直到JVM实例存在禁用它。也许您的意思是

-XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError

；）这些选项通常与它们的默认+/-值一起列出。；）