Java 带滑动窗口算法的CPG岛查找器：字符串索引间歇性越界异常

在阅读了下面的评论并按照建议进行单元测试后，我正在编辑这篇文章。以下是我的计划的简要说明：

给定一个只包含字母A、G、C、T的输入字符串。该字符串的长度通常为80-100K

我必须确定符合某些标准的区域（最小长度为200）。我使用的是滑动窗口算法。（例如：输入字符串：abcdef，输入宽度=3，滑动窗口字符串应该是abc，bcd，cde，def，ef。在我的例子中，输入宽度=200）。我创建了一个函数来执行此操作，并将字符串的开始和结束间隔保存在一个整数列表中。 所以，假设我的列表是（30230，40，240，60，260，300500，450650），其中30，40，60300450是满足特定标准的开始间隔，剩余的数字是结束间隔

下一步是确定距离较近的间隔（距离为100），并将它们组合在一起。我已经做到了。现在我的名单是（30260300500450650）

我的最后一步是重新运行这些时间间隔的标准，以确保这些时间间隔仍然符合标准。这就是我遇到问题的地方。这是我的密码：

public static List<Integer> finalCPGIslands(List<Integer> iList,
    String iSeq, int width) {
// Declare output list that contains final list of start and end
// intervals
List<Integer> oList = new ArrayList<Integer>();
// Add the first two elements anyways
oList.add(iList.get(0));
oList.add(iList.get(1));
if (iList.size() > 2) {
    for (int i = 2; i < iList.size(); i += 2) {
        // The below IF is attempted to ensure that substring is always
        // valid
        if (iSeq.length() > iList.get(i + 1)) {
            // While creating the substring in next line, I get String
            // index out of range: -9
            String testSeq = iSeq.substring(iList.get(i),
                    iList.get(i + 1) + 1);
            boolean check = cpgCriteriaCheck(testSeq);
            if (check) {
                // If condition is met, add the indexes to the final
                // list
                oList.add(iList.get(i));
                oList.add(iList.get(i + 1));
            }
            // If condition is not met, start removing one character at
            // a time until condition is met
            else {

                int counter = 0;
                int currentSequenceLength = testSeq.length();
                String newTestSeq = null;
                while (counter <= currentSequenceLength) {
                    counter++;
                    if (testSeq.length() > 2) {
                        newTestSeq = testSeq.substring(1,
                                testSeq.length() - 1);
                        testSeq = newTestSeq;
                        if (newTestSeq.length() < width) {
                            counter = currentSequenceLength + 1;
                        } else {
                            boolean checkAgain = cpgCriteriaCheck(newTestSeq);
                            // If condition met, add the item to list
                            // and exit
                            if (checkAgain) {
                                oList.add(iList.get(i) + counter);
                                oList.add(iList.get(i + 1) - counter);
                                counter = currentSequenceLength + 1;
                            }

                        } // End of Else
                    } // End of IF

                } // End of While
            } // End of Else
        }

    } // End of For
} // End of Else
return oList;

此外，此异常仅间歇性出现。我有一个大约95K个字符的输入文件，这个异常不会发生。我想，通过在检查字符串长度是否大于输入列表值的位置放置一个IF语句，我就解决了这个异常。

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还有，-9表示什么？这是否表示字符串中的第9个字符无效？即使我正在通过删除所有出现的/r和/n来清理字符串，也可能有任何不需要的字符导致此问题。抱歉说得太冗长了，但我想给出这个问题的背景。根本原因似乎仍然只是创建子字符串时字符串索引越界异常。

通过添加以下行解决了字符串OOB异常。这涵盖了创建子字符串时可能发生的所有错误情况。

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if（str！=null&&from>=0&&to>=from&&to你真的希望这里有人会为你调试你的代码吗？我建议你花点时间，为你的函数编写单元测试，找出问题的根源，然后，如果找不到解决方案，就带着一个定义良好的问题回来。@zero323坦白地说，你实际上给了我一个答案这是一个非常好的建议。我正在学习Java，实际上我读过关于使用JUnit进行单元测试的文章。我以前从未使用过JUnit，但现在我将返回并开始为每个函数进行单元测试。谢谢。很高兴听到这一点。如果你要求我们阅读几百行代码并找出可能的错误，你真的想得到答案。即使你不知道ite测试总是试图找到问题的根源。顺便说一下，如果您的问题与表示层无关，则不欢迎截图。已解决此问题。通过添加以下行，字符串OOB异常已得到解决：if（str！=null&&from>=0&&to>=from&&to您可能应该将其作为答案发布：）
String testSeq = iSeq.substring(iList.get(i),
                        iList.get(i + 1) + 1);